Busan'da, Korelilerin avlanmak için taş kullandıkları dönemde atalarının yaşamlarını gösteren birçok nesne bulunmaktadır. Kalıntıların çoğu kaya çağı döneminin başlangıcına aittir ve Dongsam-dong, Yeongseon-dong, Dadae-dong, Amnam-dong, Geumgok-dong ve Beombang nehirleri veya okyanus çevresinde deniz kabuğu yığınları bulunmaktadır. Ancak, insanlar muhtemelen geç Taş Devri'nde yaşamışlardır. Bronz Çağı'nda insanlar bu şehirde Sajik-dong ve Nampo-dong gibi bazı yerlerde yaşamışlardır çünkü Taş Devri'ndekilere kıyasla çok sayıda kalıntı bulunmaktadır. Bronz Çağı Japonya'da Yayoi kültürünün oluşmasında etkili olmuştur. İnsanlar Demir Çağı'nda da burada demir kullanmışlardır çünkü Busan'da çok fazla demir üretilmiştir. Silla Krallığı Busan bölgesini kontrol etti, Busan Geochilsanguk, Geochilsangun olarak adlandırıldı ve Dongnaehyeon olarak değiştirildi. Dongnae hala Busan'da bölge adı olarak kullanılmaktadır.
Kore'nin güneyinde hüküm süren Goryeo Hanedanlığı döneminde Busan, Sillla sistemi tarafından kontrol edilmekteydi. Joseon Hanedanlığı döneminde Busan Limanı 1407 yılında açılmış ve Japonya'ya yakın olması nedeniyle önemli bir şehir olmuştur. Kore hükümeti Japonların Busan'da yaşamasına izin verdi çünkü Busan 15. yüzyıldan beri Kore ve Japonya arasındaki ticarete açıktı ve Japonlar evler ve binalar inşa etti. Imjin Savaşı meydana geldiğinde Toyotomi Hideyoshi kontrolündeki Japonlar 1592 yılında Kore'yi işgal etmiş, Joseon Hanedanlığının Japonya'yı Min hanedanlığına götürmemesi üzerine Japonya Çin'e gitmek ve Çin'deki Ming hanedanlığını fethetmek için yola ihtiyaçları olduğunu söylemiş ancak Japonya sözlerini değiştirerek Kore'ye saldırmıştır. O dönemde Joseon Hanedanlığı savaşa hazırlıklı değildi. Bu nedenle, Kore ve Ming hanedanlığının Çin ile iyi bir ilişkisi olduğu için, Ming hanedanlığı Joseon'un Japonya'ya karşı savaşmasına yardım etti. Toyotomi Hideyoshi öldüğünde, Japon askerler kahramanlarını kaybettikleri ve hem Kore hem de Çin ile savaşamadıkları için ülkelerini terk ettiler.
Busan bir liman kenti olduğu için Kore ve Japonya arasındaki ticaret, Busan-Po'nun (Liman) Kanghwa Antlaşması ile açıldığı 1876 yılına kadar Busan'da gerçekleşmiştir. O dönemde Busan ilk uluslararası liman olmuştur. Daha sonra diğer limanlar da ticaret için kullanılmaya başlandı çünkü Japonya haksız bir ticaret anlaşmasıyla ticaret yoluyla mal ve gıda satmak istiyordu.
Japonya tekrar işgal etti ve 1910'dan 1945'e kadar Kore'yi sömürgeleştirdi. Daha sonra Japonya, Busan da dahil olmak üzere Kore'yi kontrol etti. 2. Dünya Savaşı sona erdikten sonra Kore, Rusya tarafından kontrol edilen Kuzey Kore ve Amerika Birleşik Devletleri tarafından yönetilen Güney Kore olarak ikiye bölünmüştür. Kore Savaşı sırasında Busan, 1950'den 1953'e kadar Güney Kore'nin geçici başkentiydi ve Kore Savaşı meydana geldiğinde Kuzey Kore tarafından fethedilmeyen şehirlerden biriydi. Bu nedenle birçok Güney Koreli başka yerlerden Busan'a taşınmıştır. O dönemde BM birlikleri, Korelileri komünistlerden korumak ve 30 Haziran 1950'de Kuzey Kore ve diğer müttefik komünistleri yenmek için Busan'a indi ve Busan'ı kuşattı. Güney Koreli ve BM Askerleri Kore'de Kuzey Koreli ve komünistlerle savaşmaya başladı. Kore Savaşı, Pasifik Savaşı ve 2. Dünya Savaşı'ndan sonra Kore hükümetinin siyasi ideoloji nedeniyle Kore Cumhuriyeti ve Kore Demokratik Halk Cumhuriyeti haline getirilmesiyle meydana geldi. 1995 yılında şehrin adı Busan City (Jikhalsi)'den Busan Metropolitan City olarak değiştirildi.
