Ekim 1965 darbesinde ordu, birkaç üst düzey generale yönelik suikastın Endonezya Komünist Partisi tarafından düzenlendiğine dair yanlış bir iddiada bulunarak iktidarı ele geçirdi. Bu Suharto'nun Yeni Düzeni'nin başlangıcıydı. Bu hükümet şiddetle anti-komünistti. Pramoedya, Endonezya Komünist Partisi'ne bağlı bir edebiyat grubu olan Halkın Kültür Örgütü'nün başkanıydı. Bu yüzden Yeni Düzen rejimi onu komünist ve devlet düşmanı olarak adlandırdı. 1965-66 yıllarındaki şiddetli anti-komünist tasfiye sırasında Pramoedya, Suharto hükümeti tarafından tutuklandı, dövüldü ve hapsedildi. Siyasi mahkum olarak adlandırıldı. Kitapları yasaklandı ve yargılanmadan önce Java'nın güney kıyısındaki Nusa Kambangan'da, daha sonra da Endonezya takımadalarının doğu adalarındaki ceza kolonisi Buru'da hapsedildi. .
Buru adasındaki hapsi sırasında yazması yasaklandı. Ancak en iyi bilinen eser serisi olan Buru Dörtlüsü'nü yarattı. Endonezya milliyetçiliğinin gelişimini anlatan dört tarihi kurgu romandan oluşan bir seridir. Kitaplar kısmen kendi çocukluk deneyimlerine dayanmaktadır. Kitapların İngilizce başlıkları şöyledir: This Earth of Mankind, Child of All Nations, Footsteps ve House of Glass. Serinin ana karakterinin adı Minke'dir. Kendisi küçük bir Cava kraliyet mensubudur. Karakter Tirto Adhi Surjo adlı Endonezyalı bir gazeteciye benzemektedir. Milliyetçi harekette aktif rol oynamıştır.
Dörtlüde Endonezya ve Çin etnik kökenli güçlü kadın karakterler yer alıyor. Kitaplar, bu insanlar için sömürge yönetimi altında yaşamanın ne kadar zor olduğunu gösteriyor. Irkçı ayrımcılığa ve saldırılara maruz kalmışlardır. Kişisel ve ulusal siyasi bağımsızlık için mücadele ettiler. Bu kitaplar Pramoedya'nın yazılarının çoğunun tipik bir örneğidir. Kişisel hikayeler anlatmakta ve bir ulusun tarihindeki hareketlere kapılmış bireylere odaklanmaktadırlar.
Pramoedya, Buru esir kampına gönderilmeden önce kitaplar için araştırma yapmıştı. Tutuklandığında kütüphanesi yakıldı ve koleksiyonunun ve ilk yazılarının çoğu kayboldu. Hapishane kolonisi Buru adasında bir kalem bile bulundurmasına izin verilmedi. Pramoedya romanlarını kağıda dökebileceğini hiç düşünmemişti. Romanların hikayelerini mahkum arkadaşlarına anlattı. Diğer mahkumlar hikayeleri dinledikten sonra ona yardım ettiler. Pramoedya fazla çalışmak zorunda kalmasın diye fazladan iş yapıyorlardı. Böylece sonunda romanları yazabildi. Son kitaplar "Buru Dörtlüsü" adını, onları yarattığı hapishaneden aldı. Kitaplar toplanmış ve İngilizce olarak yayımlanmıştır. Maxwell Lane onları çevirdi. Ayrıca başka birçok dilde de yayımlandı. 2005 yılına kadar 33 dilde yayımlandılar (BIWP). Endonezya dışındaki pek çok kişi bunların mükemmel kitaplar olduğunu düşünüyordu. Pek çok ödül kazandılar. Ancak Endonezya hükümeti kitapların Endonezya'da yayınlanmasını yasakladı. Dolayısıyla Endonezya'nın en ünlü edebi eserlerinden birini, tarihini ele aldığı ülke halkında bulmak neredeyse imkansızdı. Yurtdışındaki Endonezyalılar kopyaları tarayıp internette ülke içindeki insanlarla paylaştılar.
Pramoedya'nın sömürge Endonezya'sına ilişkin çalışmaları, İslam'ın Hollandalılara karşı halk muhalefeti için bir araç olarak önemini kabul etmiştir. Eserleri din hakkında değildir ve açık dini temalar içermez. O, dini insanların düşüncelerini kontrol etmek için kullanan insanlara karşı çıkmıştır. Bazen dindarlar hakkında olumsuz şeyler yazmıştır.