SUNY, on beşi New York Eyalet Senatosu'nun onayı ile Vali tarafından atanan on altı üyeden oluşan bir Mütevelli Heyeti tarafından yönetilmektedir. On altıncı üye ise SUNY Öğrenci Meclisi Başkanı'dır. Mütevelli Heyeti, SUNY İcra Kurulu Başkanı olarak görev yapan Şansölyeyi atar. SUNY Şansölyesi Nancy L. Zimpher'dir.
New York eyaleti, CUNY ile birlikte eyalet sakinlerine daha düşük maliyetli üniversite düzeyinde eğitim sağlayan SUNY sisteminin finansmanına yardımcı olmaktadır. SUNY öğrencileri eyalet dışından ve 171 yabancı ülkeden de gelmektedir. Eyalet dışından ve yabancı öğrenciler, New York Eyaleti'nden gelen öğrencilere göre daha fazla harç ödemektedir. Yerleşik olmayan bu öğrenciler için öğrenim ücreti daha yüksek olsa da, öğrenim ücretleri New York Eyaleti vergi mükellefleri tarafından sübvanse edilmektedir.
2010-2011 akademik yılı için, SUNY okullarında lisans derecesi için öğrenim ücretleri, ABD'deki diğer devlet üniversitelerinin üçte ikisinden daha azdır. Buffalo'daki New York Eyalet Üniversitesi'nde lisans derecesi için öğrenim ücreti dönem başına 7,772.75 $ veya ikamet etmeyen öğrenciler için yıllık 15,545.50 $'dır. Maryland Üniversitesi'nde ikamet etmeyen öğrenciler için lisans eğitimi yıllık 24,830.44 $'dır. Oregon Üniversitesi'nde yerleşik olmayan öğrenciler için öğrenim ücreti ve harçlar yıllık 25.830,00 ABD dolarıdır.
SUNY sisteminde çok çeşitli kolejler bulunmaktadır ve uzmanlık alanları bölgeden bölgeye bazı örtüşmeler göstermektedir. SUNY kampüslerini dört ayrı kategoriye ayırmaktadır: üniversite merkezleri/doktora veren kurumlar, üniversite kolejleri, teknoloji kolejleri ve toplum kolejleri. SUNY ayrıca, devlet tarafından finanse edilen kolejleri Cornell Üniversitesi ve Alfred Üniversitesi gibi diğer kurumların içine yerleştiren yasal kolejleri ile benzersiz bir ilişkiye sahiptir. Yasal kolejlerdeki öğrenciler, ev sahibi kurumların tüm kampüs yaşamı olanaklarından yararlanırken, devlet tarafından sübvanse edilen eğitim ücretinden de faydalanmaktadır.
SUNY ve New York Şehir Üniversitesi tamamen farklı üniversite sistemleridir. (Ancak her ikisi de New York Eyaleti'nden fon alan kamu kurumlarıdır). Ayrıca SUNY, New York Eyaleti'ndeki eğitimle ilgili çoğu kurum ve eğitimle ilgili birçok personel (hem kamu hem de özel) için hükümet şemsiye kuruluşu olan ve bir bileşen olarak New York Eyaleti Eğitim Departmanını içeren New York Eyaleti Üniversitesi (USNY) ile karıştırılmamalıdır.
Öğrenci temsilciliği
1970'lerde öğrenciler SUNY kolejlerinin yönetim kurullarında oy hakkıyla temsil edilmeyi talep ettiler. Eyalet Yasama Meclisi 1971 yılında Cornell'in Mütevelli Heyetine oy hakkına sahip beş öğrenci üye ekledi. 1975 yılında yasama organı tüm SUNY birimlerinin yönetim kurullarına oy hakkı olmayan bir öğrenci koltuğu ekledi. New York Eyaleti Başsavcısı'nın iki görüş yazısı, öğrenci üyelerin toplantılara katılma haklarını azaltmıştır. Bu belgeler öğrenci üyelerin aslında Kamu Görevlisi olmadıklarını gösteriyordu. Bu nedenle Başsavcı, öğrencilerin aldıkları kararlar nedeniyle mahkemeye verilebileceklerini söyledi. 1977 yılında yapılan bir başka yasal değişiklikle SUNY konsey ve kurullarının öğrenci üyeleri NYS Kamu Görevlileri Kanunu ya da NYS Genel Belediye Kanununa tabi kılınmış ve öğrenci temsilcilerine önerge verme ya da önergeleri destekleme ve organların gündemine madde koyma gibi parlamenter yetkiler tanınmıştır. Son olarak, yasama organı 1979 yılında öğrenci üyelere tam oy hakkı vererek, NYS Çevre Bilimi ve Ormancılık Koleji hariç tüm SUNY birimlerinin öğrencilerinin oy hakkı olan temsilcileri olmasını sağlamıştır. Son olarak 1986 yılında yasama organı bu üniversitenin öğrenci temsilcisine de oy hakkı vermiştir.
