1457-1869
Tokyo, Edo adında küçük bir balıkçı köyü olarak başladı. Edo, eski Musashi Eyaleti'ndeydi.
Edo klanı 12. yüzyılın sonlarında kasabayı korumak için surlar inşa etmiştir. 1457 yılında Ōta Dōkan Edo Kalesi'ni inşa etmiştir. 1590 yılında Tokugawa Ieyasu Edo'yu kendi üssü haline getirdi. Ieyasu 1603 yılında shogun oldu ve şehir onun askeri hükümetinin merkezi haline geldi. Bu, Edo döneminin başlangıcını işaret ediyordu. Bu süre zarfında Edo, dünyanın en büyük şehirlerinden biri haline geldi. XVIII. yüzyıla gelindiğinde bir milyondan fazla insan yaşıyordu.
Edo, Japonya'nın başkenti değildi. İmparator başkent Kyoto'da yaşıyordu. Ancak Japon tarihi boyunca shogun imparatordan daha güçlü olduğu için Edo daha fazla güce sahipti. Yaklaşık 263 yıl sonra Meiji Restorasyonu şogunu iktidardan uzaklaştırdı. 1869 yılında 17 yaşındaki İmparator Meiji Edo'ya taşındı. Eski Edo Kalesi İmparatorluk Sarayı oldu.
1869-1943
Tokyo Vilayeti ve Tokyo şehri kuruldu. Burası 1943 yılına kadar başkentti.
1943'ten günümüze
1943 yılında Tokyo Şehri ve "eskiden Tokyo İli (東京府, Tōkyō-fu) (1869-1943) olan bölgenin bağlı belediyeleri" tek bir şehir olarak birleştirildi.
Tokyo'nun merkezi, büyük tren istasyonlarının etrafında inşa edilmiştir. Banliyö demiryolları cadde seviyesinde nispeten ucuza inşa edilmiştir. Bazı otoyollar bulunmaktadır.
Tokyo 20. yüzyılda iki büyük felaket yaşamıştır. 1923 Büyük Kantō depreminde 140.000 kişi ölmüş ya da kaybolmuştur. İkinci Dünya Savaşı şehir için diğer bir felaket olmuştur. Tokyo'nun 1944'ten 1945'e kadar bombalanması 75.000 ila 200.000 kişinin ölümüne ve şehrin yarısının yok olmasına neden olmuştur. Bu neredeyse Hiroşima ve Nagazaki'ye atılan atom bombalarının toplamı kadar büyük bir hasara yol açmıştır.
Tokyo savaştan sonra tamamen yeniden inşa edildi. 1964 Yaz Olimpiyatları büyük bir dünya olayıydı. Sunshine 60 gibi yeni yüksek katlı inşaatlar 1970'lerde başlamıştır.