Everton 1878 yılında St Domingo's FC adıyla faaliyetlerine başladı. İlk başta sadece St Domingo's kilisesine giden insanlar içindi, ancak o kadar çok insan ilgilendi ki yerel bölgeden insanların da katılmasına izin verdiler. Bir yıl sonra kulübün adı bölgeye atfen Everton Futbol Kulübü olarak değiştirildi. Everton Futbol Kulübü'nün ilk maçı 1879'da St Peter's adlı bir takıma karşıydı. Everton 6-0 kazandı.
Everton 1886/87 sezonunda FA Cup'a katıldı. İlk turda Rangers'a 1-0 mağlup oldular. Futbol İngiltere çapında giderek daha popüler hale geldikçe, kulüpler organize bir lige ihtiyaç duyduklarını fark ettiler. 1888 yılında Futbol Ligi kuruldu. Everton 12 kurucu üyeden biriydi. Preston North End ilk iki ligi, Everton ise 1891'de üçüncü ligi kazandı. İkinci kupaları olan FA Cup'ı 1905'te kazandılar ancak 1916'ya kadar başka bir kupa kazanamadılar. Everton 1927'ye kadar ilk uzun başarı dönemini yaşamadı. 1925'te Dixie Dean ile anlaştılar ve 1927'de 39 maçta 60 gol atarak yeni bir dünya rekoru kırdı ve Everton'ı bir lig şampiyonluğuna daha taşıdı. Everton 1930/1931'de küme düştü ya da ikinci lige düşürüldü. Bir yıl içinde tekrar terfi ettiler ve kulüp 1950/51 sezonunu saymazsak (ki bu sezonda ikinci ligde üç sezon geçirdi) bir daha küme düşmedi. Bu da onları, 1919/20 sezonundan beri aralıksız olarak en üst ligde yer alan Arsenal dışında, İngiliz futbolunun en üst liginde üst üste en çok sezon geçiren İngiliz futbol takımı yapmaktadır.
Everton'ın ikinci başarılı dönemi 1961'den sonra Harry Catterick'in menajerlik görevine getirilmesiyle başladı. Catterick yönetimindeki Everton 1961-1970 yılları arasında iki lig şampiyonluğu ve dört kupa kazandı. Ancak bu başarı uzun sürmedi ve üç yıl süren düşük lig derecelerinin ardından Catterick görevinden ayrıldı. Kulüp 1970'lerin geri kalanında başarısız menajerlerle orta sıralarda ya da orta sıralarda yer aldı. Kulüp 1981 yılında Howard Kendall'ı yeni teknik direktör olarak atadı. Kendall, Everton'ın çehresini değiştirdi ve 1981-1987 yılları arasında iki lig şampiyonluğu ve üç kupa kazanarak kulüp tarihinin en başarılı menajeri oldu. Bu dönem aynı zamanda Everton'ın tek Avrupa kupası olan 1985 Kupa Galipleri Kupası'nı kazanmasını sağladı. Yarı finalde Everton'ın Alman şampiyonu Bayern Münih'i 3-1 yendiği maç Goodison Park'ta tüm zamanların en iyisi olarak seçildi. Finalde Everton, Rapid Vienna karşısında 3-1'lik bir galibiyet daha alarak Avrupa Kupa Galipleri Kupası Şampiyonu oldu ve bugüne kadarki ilk ve tek Avrupa şampiyonluğunu elde etti.
1985 yılında Belçika'nın Heysel kentindeki bir stadyumda kalabalığın kavgaya tutuşması sonucu çok sayıda Liverpool ve 39 Juventus taraftarı öldü. UEFA, esas olarak Liverpool taraftarlarının suçlu olduğuna karar verdi. Bu nedenle tüm İngiliz kulüplerinin 1991 yılına kadar Avrupa takımlarına karşı oynamasına izin verilmedi. Bu durum Everton'ın Avrupa şampiyonluğunu koruma şansını elinden aldı ve takım yavaş yavaş dağıldı, en iyi oyuncularının çoğunu diğer Avrupa kulüplerine sattı. Kulüp 90'ların başında pek başarılı olamadı, neredeyse iki kez küme düşüyordu ve birçok para sorunu yaşadı. Ancak yine de 1992'de başlayan yeni İngiltere Premier Ligi'nin ilk üyelerinden biri oldular. 1994'te göreve gelen Joe Royle adlı menajer yönetiminde oldukça başarılı oldular. Görevdeki ikinci sezonunda Everton'ı küme düşmekten kurtardı ve kulübün yedi yıl sonra kazandığı ilk kupa olan FA kupasını kazandı. Kulüp Royle yönetiminde istikrarlı bir gelişme göstererek 1996 ve 1997 sezonlarını 6. ve 7. sırada bitirdi.
Ancak iki sezon sonra kulübün performansı düşüşe geçti ve Kendall 1998/99 sezonunda küme düşmekten kıl payı kurtulduktan sonra görevden alındı. Eski oyuncu Walter Smith üç sezon için takımın başına geçti ancak çok para harcamasına rağmen takımı ligde iyi bir konuma getiremedi. David Moyes 2002'de görevi devraldı ve kulübün bugüne kadarki en başarılı menajerlerinden biri oldu. Onun yönetiminde kulüp düzenli olarak ilk 10'da yer aldı ve 2005'te Premier Lig'i en yüksek derecesi olan 4. sırada bitirdi.
Onun yönetiminde Wayne Rooney A takıma alındı ve kısa süre içinde kulüp rekoru bir ücret olan 27 milyon £ karşılığında Manchester United'a satıldı. Everton 2005'ten bu yana düzenli olarak ilk 8'de yer aldı ve 2007'de UEFA Kupası'nda son 16'ya ve 2009'da FA Cup finaline ulaştı.
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
