Endonezya'nın, daha doğrusu Güney Doğu Asya'daki 17.508 adadan oluşan Endonezya takımadalarının tarihi Homo erectus'a (halk arasında "Java Adamı" olarak bilinir) kadar uzanır. Yaklaşık bir milyon yıl öncesine ait fosilleşmiş kalıntılar bulunmuştur.
Modern nüfusun çoğunluğunu oluşturan Avustronezya halkı Güney Doğu Asya'ya Tayvan'dan gelmiştir. Endonezya'ya MÖ 2000 civarında ulaşmışlardır. Yerli Melanezya halkları uzak doğu bölgelerine gitmiştir. Tarımsal koşullar çok iyiydi. MÖ sekizinci yüzyıl gibi erken bir tarihte ıslak tarlada pirinç yetiştiriciliği geliştiğinde, köyler ve kasabalar gelişti ve MS birinci yüzyılda küçük krallıklar gelişmeye başladı. Endonezya'nın deniz kıyısındaki konumu, hem Hint krallıkları hem de Çin ile ticaretin M.Ö. birkaç yüzyıl boyunca zaten gerçekleştiği uluslararası ticaretin yönetimine yardımcı oldu. Dolayısıyla ticaret o zamandan beri Endonezya tarihini temelden şekillendirmiştir.
MS yedinci yüzyıldan itibaren, güçlü Srivijaya deniz krallığı ticaretin bir sonucu olarak gelişti. Hinduizm ve Budizm de beraberinde ithal edildi. 13. yüzyılın sonlarında doğu Java'da Hindu Majapahit krallığı kuruldu ve Gajah Mada yönetiminde etkisi Endonezya'nın büyük bölümüne yayıldı; bu dönem Endonezya tarihinde genellikle "Altın Çağ" olarak anılır.
13. yüzyıl boyunca İslam kuzey Sumatra'ya yayılmıştır. Endonezya'nın giderek daha fazla bölgesi yavaş yavaş İslam'ı kabul etti. 16. yüzyılın sonunda İslam, Cava ve Sumatra'da hakim din haline geldi. Ancak mevcut kültürel ve dini etkilerle karıştı.
İlk Avrupalılar Endonezya'ya 1512 yılında, Francisco Serrão liderliğindeki Portekizli tüccarlar Maluku'daki hindistan cevizi, karanfil ve küp biberi kaynaklarını tekellerine almaya çalıştıklarında geldiler. Bunu Hollandalı ve İngiliz tüccarlar takip etti. Hollandalılar 1602 yılında Hollanda Doğu Hindistan Şirketi'ni (VOC) kurdular ve baskın Avrupalı güç haline geldiler. Ancak Hollanda kontrolü çok uzağa gitmedi. Sadece 20. yüzyılın başlarında bugünkü sınırlara kadar uzandı.
İkinci Dünya Savaşı sırasında Hollandalılar kontrolü kaybetti ve Ağustos 1945'te etkili bir milliyetçi lider olan Sukarno bağımsızlığını ilan etti ve başkan olarak atandı. Bazı mücadelelerden sonra Hollanda Aralık 1949'da Endonezya'nın bağımsızlığını resmen tanıdı (Hollanda toprağı olan Batı Yeni Gine hariç).
Sukarno demokrasiden diktatörlüğe doğru ilerledi. Ancak Sukarno iktidarı, Mart 1968'de resmen başkan olarak atanan ordunun başı General Suharto'ya kaptırdı. ABD hükümeti tarafından desteklenen Suharto, Endonezya'ya doğrudan yabancı yatırım yapılmasını teşvik etti ve bu da sonraki otuz yıl boyunca ekonomik büyümeye yardımcı oldu. Ancak yönetimi yolsuzluk ve siyasi muhalefetin bastırılmasıyla birlikte gitti.
1997 ve 1998 yıllarında Endonezya, Asya Mali Krizinden en çok etkilenen ülke olmuştur. Bu durum halkın Yeni Düzene karşı hoşnutsuzluğunu arttırdı ve halk protestolarına yol açtı. Suharto 21 Mayıs 1998'de istifa etti. 1999 yılında Doğu Timor, yirmi beş yıllık askeri işgalin ardından Endonezya devletinden ayrılmak için oy kullandı. Suharto'nun istifasından sonra demokrasi gelişti. Bölgesel özerklik programı uygulamaya konuldu ve ilk doğrudan başkanlık seçimi 2004 yılında gerçekleşti. Ancak bazı siyasi ve ekonomik istikrarsızlıklar devam etti. Açe'deki silahlı ayrılıkçı çatışmaya siyasi bir çözüm 2005 yılında sağlandı.
