Sanger 1983 yılında Cambridge'in dışındaki Swaffham Bulbeck'te bulunan "Far Leys" adlı evinde emekli oldu.
1992 yılında Wellcome Trust ve Tıbbi Araştırma Konseyi, onun adını taşıyan Sanger Merkezi'ni (şimdiki adıyla Sanger Enstitüsü) kurdu. Enstitü, Hinxton yakınlarındaki Wellcome Trust Genom Kampüsü'nde, Sanger'in evinden sadece birkaç mil uzaktadır. Kurucu direktör John Sulston, Sanger'e merkeze kendi adının verilip verilemeyeceğini sordu. Sanger kabul etti ama "İyi bir isim olsa iyi olur" diye uyardı. Merkez 4 Ekim 1993 tarihinde 50'den az çalışanıyla bizzat Sanger tarafından açıldı. Enstitü şu anda insan genomunun dizilenmesinde öncü bir role sahiptir. Enstitü'de şu anda 900'den fazla kişi çalışmaktadır ve dünyanın en büyük genomik araştırma merkezlerinden biridir.
Şiddetten hoşlanmamaya devam etse de Quaker dini inancını kaybetmiş ve kendisini agnostik olarak adlandırmaktadır. Times gazetesinde 2000 yılında yayınlanan bir röportajda Sanger'in şu sözleri aktarılmaktadır: "Babam kendini adamış bir Quaker'dı ve ben de bir Quaker olarak yetiştirildim ve onlar için gerçek çok önemlidir. Ben bu inançlardan uzaklaştım - insan tabii ki gerçeği arıyor ama bunun için bazı kanıtlara ihtiyaç duyuyor. Tanrı'ya inanmak isteseydim bile bunu çok zor bulurdum. Kanıt görmem gerekirdi".
Kendisine "Efendim" diye hitap edilmesini istemediği için şövalyelik teklifini reddetmiş, ancak daha sonra Liyakat Nişanı verilmesini kabul etmiştir.
2007 yılında İngiliz Biyokimya Derneği, Wellcome Trust tarafından Sanger'in 1944-1983 yılları arasındaki olağanüstü araştırmalarını kaydettiği 35 laboratuvar defterinin kataloglanması ve korunması için bir hibe almıştır. Science dergisi bu konuyu haberleştirirken, "tanışmayı umabileceğiniz en kendini beğenmiş kişi" olan Sanger'in artık zamanını Cambridgeshire'daki evinde bahçeyle uğraşarak geçirdiğini belirtti.
Ölüm
Sanger 19 Kasım 2013 tarihinde Cambridge, İngiltere'deki evinde 95 yaşında ölmüştür. Bilimsel biyografisi 2014 yılında yayınlanmak üzere yazılmaktadır.
