İlk yıllar
Jonathan Dee (gerçek adı) Galli bir ailenin çocuğu olarak Londra'da doğdu. Dee soyadı Galce'de "siyah" anlamına gelen du kelimesinden gelmektedir. John's College, Cambridge'den on sekiz yaşında mezun oldu. Trinity College'ın kurucu üyelerinden biriydi. Cambridge'de kısa bir süre ders verdi. Daha sonra kıta Avrupa'sında eğitim görmek ve Paris ve Louvain'de ders vermek üzere İngiltere'den ayrıldı. 1540'larda İngiltere'ye döndü.
1555'te Kraliçe Mary ve Prenses Elizabeth'in yıldız falına baktığı için tutuklandı ve kara büyü yapmakla suçlandı; suçlamalar Mary'ye karşı vatana ihanete kadar genişletildi. Dee Yıldız Odası'na çıktı ve kendini akladı. Serbest bırakıldığında Kraliçe 1. Elizabeth'in bilimsel danışmanı oldu, hatta 1558'de taç giymesi için en uygun tarihe bile karar verdi.
I. Elizabeth'ten aldığı parayla Avrupa'ya gitti. Muhtemelen onun için casusluk yapıyordu. Sir Humphrey Gilbert gibi birçok Elizabeth dönemi kaşifinin ve girişimcisinin yakın arkadaşı oldu.
1564 yılında Dee, tüm yaratılışın mistik birliğini temsil eden kendi tasarımı olan bir sembol hakkında Monas Hieroglyphica ("Hiyeroglif Monad") adlı Hermetik eserini yazdı. Bu eser Dee'nin dönemindeki pek çok kişi tarafından büyük değer görmüştür. Bununla birlikte, kaybolmuş olan bir sırrı vardı. Bu da kitabın bugün anlaşılmasını zorlaştırmaktadır.
Henry Billingsley'in Öklid'in Elementler'inin İngilizce çevirisine 1570'te bir "Matematiksel Önsöz" yayınladı. Matematiğin diğer sanatlar ve bilimler için ne kadar önemli olduğunu yazdı. Bu kitap halk için yazıldığından Dee'nin en popüler eseriydi.
Daha sonraki yaşam
Dee bilgisinden tatmin olmamıştı. 1580'lerin başında daha fazla bilgi edinmek için doğaüstü yolları kullanmaya başladı. Meleklerden bilgi almak istiyordu.
Edward Kelly ile 1582 yılında tanıştı ve Kelly onun yol arkadaşı oldu. Kelly hüküm giymiş bir kalpazandı. Kelly, Dee'nin kristal bir küre kullanarak meleklerden görüler almasına yardım etti. Melekler onlara Enochian adlı bir dil verdi ve Kelly aracılığıyla birkaç kitap yazdırdı. Dee'nin kristal küresi British Museum'da bulundu. Mineral koleksiyonunda uzun yıllar fark edilmeden kaldı. Dee'nin halen mevcut olan belgelerinin çoğu da British Museum'dadır.
Son yıllar
1583 yılında Dee Avrupa'dayken Mortlake'deki evi ve kütüphanesi bir kalabalık tarafından tahrip edildi. Daha sonra Dee, kitaplarının çoğunun eski arkadaşları ve ortakları tarafından çalındığına inanmaya başladı. Kraliçe Elizabeth'ten yardım istedi. Kraliçe onu 1592'de Manchester'daki Christ's College'ın müdürü yaptı. Bu görevde 1604 yılına kadar kaldı.
Kraliçe 1. Elizabeth 1603 yılında öldüğünde Dee'nin etkisi de azaldı: Mortlake'deki evine çekilmek zorunda kaldı ve orada yoksulluk içinde öldü.