Başlangıçta Muhammed Ali, Osmanlı Sultanı İkinci Mahmud adına Arabistan ve Yunanistan'da savaş yürüttü. Daha sonra Osmanlı İmparatorluğu ile açık bir çatışmaya girdi.
İlk askeri seferi Arap Yarımadası'na yaptığı bir seferdi. Kutsal şehirler Mekke ve Medine, İslam'ın Vahhabilik adı verilen bir biçimine sahip olan Suud Hanedanı tarafından ele geçirilmişti. Yeni dini gayretleriyle donanmış olan Muhammed ibn Suud, Arabistan'ın bazı bölgelerini fethetmeye başladı.
Ana Osmanlı ordusu Avrupa'da meşgulken, İkinci Mahmud Arap topraklarını yeniden ele geçirmek için Muhammed Ali'ye başvurdu. Muhammed Ali de oğlu Tusun Paşa'yı 1811'de bir askeri sefere liderlik etmesi için görevlendirdi. Sefer Arabistan'da geri püskürtüldü; ancak 1812'de Hicaz'ı yeniden ele geçiren ikinci bir saldırı başlatıldı.p43-44 İki yıl süren bir seferin ardından Suudiler ezildi ve Suudi ailesinin çoğu esir alındı. Ailenin lideri Abdullah ibn Suud İstanbul'a gönderildi ve idam edildi. p48
Muhammed Ali daha sonra dikkatini, değerli bir toprak, altın ve köle kaynağı olarak gördüğü Sudan'dan başlayarak kendi tasarladığı askeri seferlere yöneltti. O dönemde Sudan'da gerçek bir merkezi otorite yoktu ve kabile çatışmalarında ilkel silahlar kullanılıyordu.
1820 yılında Muhammed Ali, üçüncü oğlu İsmail komutasındaki 5.000 kişilik bir orduyu, bölgeyi fethetmek ve kendi otoritesine tabi kılmak amacıyla Sudan'ın güneyine gönderdi.p51 Ali'nin birlikleri 1821'de Sudan'a girmeyi başardı, ancak şiddetli bir direnişle karşılaştı. Nihayetinde Mısır birlikleri ve ateşli silahlar Sudan'ın fethini sağladı. Ali artık Etiyopya'daki Nil'in kaynağına ve Uganda'ya kadar genişleyebileceği bir ileri karakola sahipti. Onun yönetimi Sudan'dan köleler ele geçirdi ve bunlar daha sonra bir piyade alayı haline getirildi. Ali'nin ve haleflerinin Sudan'daki sert yönetimi, 1881'de kendi kendini Mehdi ilan eden Muhammed Ahmed'in bağımsızlık mücadelesine yol açtı.
Muhammed Ali otoritesini Afrika'ya doğru genişletirken, Osmanlı İmparatorluğu Avrupa topraklarında etnik isyanlarla karşı karşıya kaldı. Osmanlı yönetimine karşı Yunan isyanı 1821 yılında başladı. Osmanlı ordusu isyanı bastırmakta başarısız oldu ve etnik şiddet Konstantinopolis'e kadar yayıldı. Sultan İkinci Mahmud, Muhammed Ali'ye isyanın bastırılmasında destek vermesi karşılığında Girit adasını teklif etti.
Muhammed Ali, oğlu İbrahim Paşa komutasında 16.000 asker, 100 nakliye gemisi ve 63 eskort gemisi gönderdi.p71 . İngiltere, Fransa ve Rusya Yunanlıları korumak için müdahale etti. 20 Ekim 1827'de Navarin'de, Mısır donanmasının tamamı Amiral Edward Codrington (1770-1851) komutasındaki Avrupalı Müttefik filosu tarafından batırıldı. Muhammed Ali, yetkin ve pahalı donanmasını kaybetmenin acısını yaşadı. Donanması yok edilen Mısır'ın Yunanistan'daki güçlerini desteklemesine imkân kalmadı ve geri çekilmek zorunda kaldı. Sonuçta bu sefer Muhammed Ali'ye hiçbir kazanç sağlamadan donanmasına mal oldu.
Kendisinin ve Mısır'ın kayıplarını telafi etmek için Suriye'nin fethi için harekete geçildi. Kendisinden önceki diğer Mısır hükümdarları gibi Ali de hem stratejik değeri hem de zengin doğal kaynakları nedeniyle Levant'ı kontrol etmek istiyordu. Suriye sadece bol miktarda doğal kaynağa sahip olmakla kalmıyor, aynı zamanda Levant'ın her yerinde gelişmiş pazarları olan, gelişen bir uluslararası ticaret topluluğuna da sahipti. Şu anda Mısır'da üretilen mallar için esir bir pazar olacaktı. Belki de en iyisi, Suriye'nin Mısır ile Osmanlı Sultanı arasında bir tampon devlet olarak arzu edilmesiydi.
Yeni bir donanma inşa edildi, yeni bir ordu kuruldu ve 31 Ekim 1831'de İbrahim Paşa komutasındaki Mısır'ın Suriye'yi işgali Birinci Türk-Mısır Savaşı'nı başlattı. Mısırlılar Suriye'nin büyük bölümünü kolaylıkla ele geçirdiler. En güçlü ve gerçekten önemli tek direniş liman kenti Akka'da gösterildi. Mısır kuvvetleri altı aylık bir kuşatmanın ardından şehri ele geçirdi. Kuşatma sırasında Mısır iç cephesinde huzursuzluk arttı. Ali, seferini desteklemek için Mısır'ı giderek daha fazla sıkıştırmak zorunda kaldı ve halkı artan yüke içerledi.
Akka'nın düşmesinden sonra Mısır ordusu kuzeye, Anadolu'ya doğru ilerledi. Konya Savaşı'nda (21 Aralık 1832) İbrahim Paşa, Sadrazam Reşid Paşa komutasındaki Osmanlı ordusunu ağır bir yenilgiye uğrattı. Artık İbrahim'in kuvvetleri ile Konstantinopolis arasında hiçbir askeri engel kalmamıştı.
Muhammed Ali, kampanya boyunca Avrupalı güçleri dikkatle izledi. Tüm kazanımlarını tersine çevirecek başka bir müdahaleden korktuğu için yavaş ve temkinli ilerledi. Örneğin, yeni ele geçirilen topraklarda Cuma namazlarında Sultan'ın adını kullanma uygulamasına devam etti. Kendi resmini taşıyan yeni paralar basmak yerine Osmanlı paralarını tedavüle çıkarmaya devam etti.p111 Muhammed Ali'nin yürüyüşü Osmanlı devletinin tamamen çöküşünü tehdit etmediği sürece, Avrupa'daki güçler pasif gözlemciler olarak kaldılar.
Bu gösteriye rağmen, Muhammed Ali'nin hedefi artık mevcut Osmanlı Sultanı 2. Mahmud'u tahttan indirmek ve yerine sultanın oğlu, kundaktaki Abdülmecid'i geçirmekti. Bu olasılık 2. Mahmud'u o kadar telaşlandırdı ki Rusya'nın askeri yardım teklifini kabul etti. Bu durum Hünkâr İskelesi Antlaşması'na yol açtı.p72 Rusya'nın kazancı İngiliz ve Fransız hükümetlerini dehşete düşürdü, bu yüzden müzakere edilmiş bir çözüm için çalıştılar. Mayıs 1833'te Kütahya Konvansiyonu imzalandı.
Barışın şartları, Ali'nin kuvvetlerini Anadolu'dan çekmesi ve tazminat olarak Girit ve Hicaz topraklarını almasıydı. İbrahim Paşa Suriye valiliğine atanacaktı. Ancak barış anlaşması Muhammed Ali'ye kendisi için bağımsız bir krallık vermekte yetersiz kaldı ve onu eksik bıraktı. p122
