Thomas Hunt Morgan (25 Eylül 1866 - 4 Aralık 1945) Amerikalı bir genetikçi ve embriyologdu. Doktorasını 1890 yılında Johns Hopkins Üniversitesi'nde tamamlayan Morgan, Bryn Mawr Koleji'ndeyken embriyoloji üzerine araştırmalar yapmıştır.
1900'de Mendel kalıtımının yeniden keşfedilmesinden sonra Morgan araştırmalarını meyve sineği Drosophila melanogaster'e kaydırdı. 1904 yılında E.B. Wilson, Morgan'ı Columbia Üniversitesi'nde kendisine katılması için davet etti. Bu hamle Morgan'ın tamamen deneysel çalışmalara odaklanmasını sağladı. Columbia'daki ünlü Sinek Odası'nda Morgan, genlerin kromozomlar üzerinde taşındığını ve kalıtımın mekanik temeli olduğunu göstermeyi başardı. Bu keşifler modern genetik biliminin temelini oluşturdu.
Morgan, 1928 yılında Kaliforniya Teknoloji Enstitüsü'nde (CalTech) Biyoloji Bölümü'nün başına geçmek üzere Kaliforniya'ya taşındı. Araştırmaları genetik ve evrim; deneysel embriyoloji; fizyoloji; biyofizik ve biyokimya üzerine yoğunlaştı.
Kendisine 1933 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü verilmiştir. Bu ödül, kromozomun kalıtımda oynadığı role ilişkin keşifleri nedeniyle genetik alanında verilen ilk ödüldür. Ödül, laboratuvarın ana araştırmacısı Alfred Sturtevant ile paylaşılmadı; bu, Nobel Komitesi'nin kesinlikle tartışmalı bir kararıydı.
Morgan'ın Drosophila ile ilk çalışmaları, 1909 ve 1910 yıllarında İngiliz işçiler tarafından Tatlı Bezelye kullanılarak keşfedilen 'bağlanma' ve 'itme' olarak bilinen ilişkiler üzerineydi. Bunlar gerçekte, daha sonra bağlantı olarak adlandırılan aynı olguydu. Morgan'ın ilk makaleleri, erkek sineğin heterogametik (XY) olduğu sineğin beyaz göz geninin cinsiyet bağlantısının gösterilmesiyle ilgiliydi.
Morgan, seçkin kariyeri boyunca 22 kitap ve 370 bilimsel makale yazdı ve çalışmalarının bir sonucu olarak Drosophila genetikte ana 'model organizma' haline geldi. Kaliforniya Teknoloji Enstitüsü'nde kurduğu Biyoloji Bölümü, yedi Nobel Ödülü sahibi yetiştirmiştir.