Sir Joseph John "J.J." Thomson, OM, FRS (18 Aralık 1856 - 30 Ağustos 1940) İngiliz fizikçi ve Nobel ödüllüdür. Elektron ve izotopları keşfetmiş ve kütle spektrometresini icat etmiştir. Elektronu keşfi ve gazlarda elektrik iletimi üzerine yaptığı çalışmalar nedeniyle 1906 yılında Nobel Fizik Ödülü'ne layık görülmüştür. John Joseph Thomson 1893 yılında şöyle demiştir: "Elektriğin sırrına nüfuz etmek için bize bu kadar umut verici bir fırsat sunan başka bir fizik dalı yoktur."
1897'de Thomson, katot ışınlarının daha önce bilinmeyen, elektrik yüküne kıyasla çok küçük kütleye sahip negatif yüklü bir parçacıktan oluştuğunu gösterdi. Bu parçacık daha sonra elektron olarak adlandırıldı ve bulunan ilk atom altı parçacık94465 oldu. Thomson ayrıca 1913 yılında anot ışınlarını (pozitif katyonlar) incelerken kararlı (radyoaktif olmayan) bir elementin izotopları için ilk kanıtı buldu.
Atom teorisinde atomların, negatif yüklü tek bir elektronun bulunduğu, eşit olarak yayılmış pozitif yük küreleri olduğunu varsaydı. Daha sonra bir atomda birden fazla negatif yüklü parçacık olduğu sonucuna vardı.
Cambridge Üniversitesi'nde onunla birlikte okuyan ve çalışan gençlerin çoğu da ünlü fizikçiler oldu.