DNA metilasyonu, gen aktivitesinin yaşam boyunca, özellikle de erken gelişim sırasında ayarlanmasının ana yoludur.

DNA'ya metil gruplarının eklendiği bir süreçtir. Bu, gen transkripsiyonunu baskılar. DNA'nın dört nükleotidinden ikisi, sitozin ve adenin, metillenebilir. Adenin metilasyonu prokaryotlarla sınırlı olduğundan, tüm ökaryot transkripsiyonu sitozinin baskılanmasıyla düzenlenir.

Genlerin baskılanması, DNA dizisindeki değişikliklerden kaynaklanmayan gen aktivitesindeki değişikliklerin incelenmesi olan epigenetiğin temelidir. Bu, genlerin fenotipik etkilerini ortaya çıkarma şekli olan gen ifadesinin incelenmesidir.

Metilasyon yoluyla gen aktivitesinde meydana gelen değişiklikler, hücrenin yaşamının geri kalanı boyunca ve hücre bölünmeleri yoluyla birçok hücre nesli boyunca sürebilir. Ancak organizmanın temel DNA diziliminde herhangi bir değişiklik olmaz. Bunun yerine, kalıtsal olmayan faktörler organizmanın genlerinin farklı davranmasına (kendilerini ifade etmesine) neden olur.