Rothko'nun çalışmaları dikdörtgen renk ve ışık alanlarına dönüştü. Bununla birlikte, erken dönem ile daha sonraki renk alanları arasında, Rothko'nun hayatındaki iki önemli olayın damgasını vurduğu uzun bir geçiş dönemi vardı: İkinci Dünya Savaşı'nın başlaması ve Friedrich Nietzsche'yi okuması.
Ekim 1948'den itibaren, annesinin ölümünden sonra Rothko, iki ya da üç karşıt ya da zıt ama birbirini tamamlayan renklerden oluşan simetrik dikdörtgen bloklar kullanmaya başladı. Ayrıca, sonraki yedi yıl boyunca Rothko sadece dikey formatlı büyük tuvaller üzerine yağlıboya resim yaptı. Çok büyük ölçekli tasarımlar izleyiciyi bunaltmak ya da izleyicinin kendini resmin "içinde" hissetmesini sağlamak için kullanıldı. Bazı eleştirmenlere göre büyük boyut, içerik eksikliğini telafi etmeye yönelik bir girişimdi. Misilleme olarak Rothko şöyle demiştir:
"Tarihsel olarak büyük resim yapmanın işlevinin çok görkemli ve şatafatlı bir şey resmetmek olduğunun farkındayım. Ancak onları resmetmemin nedeni ... tam da çok samimi ve insani olmak istememdir. Küçük bir resim yapmak, kendinizi deneyiminizin dışına yerleştirmek, bir deneyime stereoptikon bir bakışla ya da küçültücü bir camla bakmaktır. Büyük resmi nasıl çizerseniz çizin, siz onun içindesiniz. Bu sizin hükmettiğiniz bir şey değildir".
Hatta izleyicilere, yakınlık duygusunun yanı sıra huşu, bireyin aşkınlığı ve bilinmezlik duygusunu deneyimleyebilmeleri için kendilerini tuvalden on sekiz santim kadar uzakta konumlandırmalarını önermiştir.