Guede Ekim 2008'de İtalya'da mahkemeye çıkarıldı. Suçlu bulundu ve 30 yıl hapse mahkum edildi.
Knox ve Sollecito da mahkemeye çıkarıldı. Sollecito 25 yıl, Knox ise 26 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Her ikisi de cezalarını temyize götürdü.
Savcılar Guede, Knox ve Sollecito'nun Kercher'i birlikte öldürdüklerini söyledi. Knox ve Sollecito'nun avukatları ise Guede'nin Kercher'i tek başına öldürdüğünü ve cesedi saatler sonra soyup taşıdığını söyledi. Haziran-Kasım 2009'da avukatları, Guede'nin Kercher'i öldürdüğü ve daha sonra cesedini soyarak Knox ile birlikte yaşadığı evdeki yatak odasının penceresinden uzaklaştırdığı şeklindeki "yalnız kurt" teorisini destekleyen kanıtlar ve tanıklar sundu.
Guede, Kercher ile Cadılar Bayramı'nda buluşmak üzere evine davet edildiğini iddia etmişti. Evindeyken hastalandığını ve banyodayken yüksek sesli bir çığlık duyduğunu iddia etmiştir. Guede hikayesinde, Kercher'in odasında yerde elinde bıçak tutan kahverengi saçlı İtalyan bir adam gördüğünü iddia etmiştir. Daha sonra adamın kendisiyle dövüştüğünü ve mükemmel bir İtalyanca ile "Trovato negro, trovato colpevole" ("siyah bulundu, suçlu bulundu") diyerek evden kaçtığını iddia etti. Guede, Kercher hızla kan kaybettiği için ona yardım etmeye çalıştığını, ancak korktuğunu ve polisi ya da kimseyi yardıma çağırmadan evden kaçtığını söyledi. Guede yetkililere Kercher'in bıçaklandığında tamamen giyinik olduğunu ve onu yatağında yorgan ve yastıkla bıraktığını söylemişti. Ancak Roma Adli Polisi'nden tanıklar ve olay yeri inceleme uzmanları, Guede'nin o geceyle ilgili anlattıklarıyla çelişen kanıtlar sundu:
· Guede, Kercher'in kendisiyle Cadılar Bayramı'nda buluştuğunu iddia etmiştir, ancak Kercher'in arkadaşları onunla birlikte partiye gittiklerini ve hiçbirinin onu Guede ile konuşurken görmediklerini ifade etmişlerdir.
· Guede, Kercher'in bıçaklandığında tamamen giyinik olduğunu iddia etti, ancak cildindeki kan lekeleri bıçaklandığında tişörtünün sütyeninin üzerine çekilmiş olduğunu gösterdi.
· Guede beyaz yastığın yatakta kaldığını iddia etti, ancak yastık cesedin altında bulundu ve üzerinde sol ayakkabı izi (Nike Outbreak 2 tenis ayakkabısından) ve kanlı avuç içi izi vardı.
· Guede, cesedi soymak ve taşımak için geri dönmediğini iddia etmiştir, ancak sutyen ve kopmuş sutyen askısı, Guede'nin DNA genetik profiliyle eşleşen DNA'ya sahiptir.
· Guede üst kattaki üçüncü yatak odasının penceresini kendisinin kırmadığını iddia etmişti, ancak sadece 5 gün önce Milano'daki bir okulda, üst kattaki pencereden taşla girilerek soyulan bir hukuk bürosundan çaldığı dizüstü bilgisayar ve cep telefonuyla yakalanmıştı.
· Guede Kercher'i bıçaklamadığını iddia etti, ancak 27 Ekim 2007'de Milano'daki okulun içinde yakalandığında yerel polis sırt çantasını aradı ve okul mutfağından çalınmış bir mutfak bıçağı buldu.
Guede'nin duruşmasında yargıç ve jüri Guede'nin iddialarına inanmadı ve onu cinayetten mahkum etti. Yastıktaki avuç içi izi, Milano polisinin cinayetten sadece 5 gün önce serbest bıraktığı Milano'daki okul olayı da dahil olmak üzere polis dosyasıyla eşleştiği için yakalanmıştı. Guede 30 yıl hapis cezasına çarptırılmış, ancak ilk temyiz duruşmasının ardından bu ceza 16 yıla indirilmişti.
Ayrı bir duruşmada, hem Knox hem de Sollecito cinayetten yargılandı, ancak kanıtlar Guede'ye göre çok daha azdı. Hiçbir tanık Knox ya da Sollecito'yu o gece eve girerken ya da evden çıkarken gördüklerine ya da duyduklarına dair ifade vermemiştir. Ayrıca, onları cinayetle ilişkilendiren az miktardaki DNA, kontaminasyon olarak değerlendirilebilecek kadar düşük miktardaydı ve bu tür küçük miktardaki DNA, İngiliz veya ABD ceza mahkemelerindeki yargılamalarda kabul edilemez. Guede'nin Nike ayakkabısıyla eşleşen çok sayıda ayakkabı izi bulunmasına rağmen, polisin Knox ve Sollecito'nun evlerinden aldığı ayakkabıların hiçbiriyle eşleşen ayakkabı izi yoktu. Bu kişilerle ilgili temel sorun, şüpheli görünen şeyler söylemiş olmalarıydı:
· Knox, polis sorgusu sırasında, işten patronuyla birlikte eve gittiğini hayal meyal hatırladığı, ancak bunun polis baskısı altında öne sürülen yanlış bir anı olduğunu düşündüğü bir ifade yazmıştı.
· Knox, sorgunun 4. gününde polisin kendisini bütün gece uyutmadığını, yemek vermediğini, ardından bağırdığını, dövdüğünü ve birinin ismini vermezse 30 yıl hapse atmakla tehdit ettiğini ifade etmiştir. Ancak polis, Knox'a zorbalık yapmadıklarını, bunun yerine Knox'un ağlamaya başladığını ve evde olduğunu itiraf ettiğini ifade etmiştir.
· Cesedin bulunduğu gün, posta polisi geldiğinde Knox ve Sollecito polisi aradıklarını söylediler, ancak telefon kayıtları aramanın polis gelmeden önce değil, geldikten birkaç dakika sonra yapıldığını gösteriyor.
· Sollecito, polisi aradığında, diğer ev arkadaşları eşyalarını saymak için geri dönmemiş olsalar da, bir hırsızlık olduğunu ve hiçbir şey alınmadığını söyledi.
· Her ikisi de geceyi adamın iki katlı evinde geçirdiklerini iddia etmişler, ancak diğerinin alt katta ne yaptığını ya da oradan ayrılıp ayrılmadığını teyit edememişlerdir.
· Sollecito polise babasının kendisini saat 23:00 sularında evden aradığını söyledi. Ancak daha sonra telefon kayıtları böyle bir arama almadığını gösterdi.
Knox'un evindeki cinayet sırasında çiftin onun evinde kaldığını doğrulayacak başka bir tanık olmadığı için, her ikisi de mahkemeye gönderildi. Aleyhlerindeki kanıtlar çok sınırlıydı:
· Hekuran K. adlı bir adam, o gece evin yakınındaki yağmurlu bir sokakta üçünü de gördüğünü ve onlarla tartıştığını, ancak yağmurun bir gece önce değil, Cadılar Bayramı'nda yağdığını iddia etti. Tartıştıkları saati nasıl bildiği sorulduğunda, arabasının saatini kontrol ettiğini ancak bozuk olduğunu fark ettiğini söyledi. Gazetecilerle konuşup konuşmadığı sorulduğunda önce hayır sonra evet dedi.
· Bir başka tanık, evsiz bir adam olan Antonio C., Knox ve Sollecito'yu o gece saat 11-11:30'da evin yakınındaki bir kasaba meydanında konuşurken gördüğünü söyledi, ancak ilk ifadesinde, yakınlardaki diğer insanların bir gece önce Cadılar Bayramı'nda olduğu gibi maske taktıklarını söylemişti.
· Bilgisayar kayıtları Sollecito'nun bilgisayarının akşam 9:10'da kullanıldığını ve kasaba meydanından en az 10 dakika uzakta yaşadığını göstermektedir.
· Bir parmak izi uzmanı, yatak yastığındaki bir ayakkabı izinin Knox'un numarasında olduğunu, ancak desenin 22 ayakkabısından hiçbiriyle eşleşmediğini ve yastık katlandığında, bu ayakkabı izinin Guede'nin Nike ayakkabılarıyla tam olarak eşleştiğini iddia etti.
· Yakındaki banyo paspası üzerinde bulunan kısmi bir kan izinin Sollecito'nun ayağıyla eşleştiği iddia edilmiş, ancak uzmanlar bu izlerin Guede'nin ayağıyla da eşleşecek kadar belirsiz olduğunu ifade etmişlerdir.
· Kercher'in odasında Knox ya da Sollecito'ya ait herhangi bir saç teli, giysi lifi, deri ya da parmak izi bulunmamıştır.
· Evlerinde ya da Sollecito'nun arabasında kan lekeli giysi, ayakkabı ya da bıçak bulunmamıştır.
· Sollecito'nun mutfağından alınan ve sapında Knox'un DNA'sı bulunan bir bıçağın, ucuna yakın bir yerde Kercher'in DNA'sıyla eser miktarda eşleştiği iddia edildi, ancak bıçak üç bıçak yarasından ikisini açmak için çok büyüktü ve herhangi bir yerinde kan kalıntısı bulunmadı.
Knox ilk duruşmada mahkum edildiğinde, bu karar bazıları tarafından "Amerikan karşıtlığı" olarak sorgulandı, ancak Sollecito da aynı zamanda mahkum edildi.
