Bir Pokémon ticari kart oyunu da mevcuttur. Oyuncular Pokémon kartlarını birbirleriyle savaşmak için kullanır ve paketleri açarak toplarlar. Nintendo tarafından düzenlenen canlı turnuvalar da vardır. Pokémon'un hasarı, "hasar sayaçları" veya hasarı takip etmek için kartların üzerine yerleştirilen nesneler tarafından sayılır. Hasar sayaçlarındaki tüm sayıları topladıktan sonra, ne kadar HP kaldığını bulmak için kartın HP'sinden (sağlık puanı) çıkarırsınız. Bir oyuncunun destesinde yalnızca 60 kart kullanılır ve bunlardan altısı "ödül kartları" adı verilen bir yığında bir kenara ayrılır. Bir oyuncu rakibinin kartını yere serdikten sonra, yenen oyuncu EX olmayan Pokémonlar için sadece bir yüzü kapalı ödül kartı alır. Bu arada, birisi bir EX Pokémon'u bayılttığında, iki ödül kartı alır. Her oyuncu için bayılan Pokémon'un gittiği bir ıskarta yığını vardır. Kazanmanın bazı yolları, tüm ödül kartlarınızı almak ve/veya rakibinizin tüm kartlarını çekmesini sağlamaktır.
Saldırıları kullanmak için genellikle "Enerji" kartlarına ihtiyaç duyan çeşitli Pokémonlar olarak tasarlanmış kartlar vardır. Ayrıca, Pokemon'a daha fazla HP vermek gibi doğrudan Pokémon saldırıları dışında ek şeyler için kullanılan "Eğitmen" kartları da vardır. Serinin çoğu hayranı, iyi bir destenin yaklaşık yirmi "Pokémon" kartı, yirmi "Enerji" kartı ve yirmi "Eğitmen" kartından oluştuğu konusunda hemfikirdir.
Oyuncular Yedek veya Aktif Pokémonlarını evrimleştirebilirler. Bench, Pokémon'u tutabilen bir noktadır ve bu Pokémonlar evrim kartı ile evrimleştirilebilir. Aktif Pokémonlar da evrimleşebilir, ancak saldırıları da kullanabilirler. Bir Pokémon'u evrimleştirmek için, evrim kartını üzerine koyabilirsiniz.
Tüm Pokémon kartlarının türleri vardır. Tür, bir saldırının ne kadar etkili olduğunu etkiler. Örneğin, belirli bir Yıldırım tipi Pikachu kartı normalde 80 hasar veren bir saldırı kullanabilir. Pikachu bu saldırıyı Zayıflığı +20 olan bir Pokémon'a karşı kullanırsa, normal hasara 20 hasar daha ekleyerek hasarı 100 yaparsınız. Türler de bazı şeyleri daha az etkili hale getirebilir.
Ticaret kartı oyununda "EX" Pokémon adı verilen özel bir Pokémon türü de vardır. EX & GX Pokémonlar normal Pokémonlardan daha güçlüdür, ancak nakavt edildiklerinde, oyuncunun rakibi ödül kartlarından ikisini çeker (normal Pokémonlarda bu sadece bir tanedir.) Ayrıca, ticari kart oyununda "Delta Türleri" Pokémon adı verilen ve genellikle Ateş tipi olan Elektrik tipi Charmander gibi tipik kartlardan farklı türlere sahip başka bir özel Pokémon türü daha vardır. "Diamond & Pearl" ticari kart oyunu genişlemesinde, "LV.X" kartları tanıtıldı. Bunlar biraz evrim kartlarına benzer, ancak yalnızca Aktif Pokémonlarda kullanılabilirler. "HeartGold & SoulSilver" genişlemesinde, The Pokémon Company LEGEND kartları adı verilen yeni kartlar çıkardı. LEGEND kartları, ayrı ayrı satılan ve bir araya getirildiğinde tek bir resim oluşturan iki karttır. Yalnızca yapıldıkları iki kart bir araya getirildiğinde kullanılabilirler; ayrı ayrı çalışamazlar.