Polifilya, kladistikte kullanılan bir terimdir. Son ortak atası grubun bir üyesi olmayan bir grup organizmayı tanımlar. Bunu ifade etmenin bir başka yolu da polifilinin, bazı üyeleri atasal popülasyonların soyundan gelen grupları içerdiğini söylemektir.
Diyagramlar, kuşlar ve memelilerin gerçekten de akraba olduğunu, ancak bunun sadece erken amniyotlar düzeyinde olduğunu göstermektedir. Evrim açısından aralarında büyük bir uçurum vardır.
Geleneksel taksonomide daha yaygın olanı, evrimleştikleri grup (therapsida'da bir klad olurdu) olmaksızın tüm torunları (örneğin, yaşayan memeliler) dahil etmektir. Bu kolaylık sağlamak için yapılır; ancak memelileri polifiletik hale getirir.
Biyolojik sınıflandırma, her grubun tek bir ortak atadan geldiği şekilde türleri bir araya getirmeyi amaçlar. Polifiletik bir grup ya kladları dışlayarak ya da ortak atayı ekleyerek "sabitlenebilir".
Kladistiğe göre sınıflandırmanın amacı tüm grupların monofiletik olmasını sağlamak olmalıdır. Ancak diğer taksonomistler, parafiletik olan veya en son ortak atalarını içeren ancak bu atanın tüm torunlarını içermeyen gruplar için geçerli bir yer olduğunu savunmaktadır.


