Zagreb Üniversitesi (Hırvatça: Sveučilište u Zagrebu, okunuşu [sʋeǔt͡ʃiliːʃte u zǎːgrebu]; Latince: Universitas Studiorum Zagrabiensis) Hırvatistan'ın en büyük üniversitesi ve Orta Avrupa'da Viyana'nın güneyini ve Güneydoğu Avrupa'nın tamamını kapsayan bölgede sürekli faaliyet gösteren en eski üniversitedir.

Üniversitenin tarihi 23 Eylül 1669'da Kutsal Roma İmparatoru I. Leopold'un Zagreb Kraliyet Özgür Şehri Cizvit Akademisi'nin kurulmasına izin veren bir kararname yayınlamasıyla başlamıştır. Kararname 3 Kasım 1671'de Hırvat Krallığı Konseyi'nde kabul edildi. Akademi, 1773 yılında Papa Clement XIV tarafından feshedilene kadar bir asırdan fazla bir süre Cizvitler tarafından yönetildi. 1776 yılında İmparatoriçe Maria Theresa, önceki Cizvit Akademisi'nin yerine Kraliyet Bilim Akademisi'ni kuran bir kararname yayınladı. Piskopos Josip Juraj Strossmayer 1861 yılında Hırvatistan Parlamentosu'na bir Üniversite kurulmasını önermiştir. İmparator Franz Joseph, 1869 yılında Zagreb Üniversitesi'nin kurulmasına ilişkin kararnameyi imzalamıştır. Kuruluş Yasası 1874 yılında Parlamento tarafından kabul edilmiş ve 5 Ocak 1874 tarihinde İmparator tarafından onaylanmıştır. 19 Ekim 1874 tarihinde I. Franz Joseph Kraliyet Üniversitesi resmen açıldı.

Üniversite, 70.000'den fazla öğrencisiyle 29 fakülte, 3 sanat akademisi ve 1 üniversite merkezinden oluşmaktadır. Üniversite, 2018 yılı itibariyle Center for University World Rankings tarafından yapılan dünya üniversiteleri sıralamasında 1000 üniversite arasında 463. sırada yer almaktadır.