MÖ 1000 civarında, büyük insan grupları bu bölgeye yerleşmiştir. Bunlar Umbrianlardı. Yüksek yerlerdeki küçük müstahkem köylerde yaşıyorlardı. MÖ 450'den itibaren Umbrialıların köyleri Etrüskler tarafından ele geçirildi. Daha sonra Romalılar MÖ 295 yılında Sentinum Savaşı ile orta İtalya'nın kontrolünü ele geçirdiler. Teraslar (geniş basamaklar) halinde bazı arazileri düzleştirdiler ve Subasio Dağı'nın kenarında Asisium adında büyük bir kasaba inşa ettiler. Bu kasaba Assisi'ye dönüştü. Assisi'de Roma döneminden kalma bazı binalar hala görülebilir. Bunlar arasında surlar, ana meydan ve şu anda Santa Maria sopra Minerva adlı bir kilise olan Tanrıça Minerva Tapınağı bulunmaktadır.
MS 238 yılında Piskopos Rufino'nun öğretisi sayesinde tüm Assisi halkı Hıristiyan oldu. Şehit edildi. Cesedinin Assisi'deki San Rufino Katedral Kilisesi'nin altında gömülü olduğuna inanılmaktadır.
Kral Totila'nın Ostrogotları 545 yılında kentin büyük bir kısmını tahrip etmiştir. Daha sonra Assisi, İtalya'nın kuzeyinden gelen Lombardlar ve ardından Frank hükümdarları tarafından yönetildi.
11. yüzyılda (1000'li yıllar) Assisi özgür bir şehir haline gelmiştir. Ancak Ghibellines ve Guelphs adlı iki grup arasında sürekli savaş vardı. Assisi çoğunlukla Ghibellinleri destekledi, ancak en yakın büyük şehir olan Perugia, Guelphleri destekledi. Ponte San Giovanni (Aziz John Köprüsü) savaşı sırasında, Perugia'dan gelen Guelph'ler Assisi'den genç bir adamı esir almayı başardılar. Adı Francesco di Bernardone idi. Genç Francesco'nun asker olmaktan vazgeçmesinin nedeni kısmen esir düştüğünde yaşadıklarıydı. Babasının evine döndüğünde, tüm servetini bir kenara bıraktı ve insanlara Tanrı'ya dönmelerini ve birbirleriyle barış içinde yaşamalarını söyleyen fakir, gezgin bir vaiz oldu. Yoksul ve dışlanmış insanlarla çalıştı. Bir harabeden başka kiliseleri yoktu. Aziz Francis ve arkadaşları, çobanların ve diğer yoksul insanların ibadet edebilmeleri için harabe halindeki küçük kiliseyi yeniden inşa ettiler. Buraya "Porziuncola" denir. Francesco (Francis) Fransisken Tarikatı'nı kurdu. Kendisi 1228 yılında "kanonlaştırılmıştır" (aziz ilan edilmiştir) ve Aziz Francis olarak bilinmektedir. En popüler azizlerden biridir.
Aziz Francis'in onuruna dağın yamacına büyük bir bazilika kilisesi inşa edilmiş ve hayatından sahnelerle güzel bir şekilde dekore edilmiştir. En ünlü sahnelerden biri Aziz Francis'in kuşlara vaaz verme hikayesini göstermektedir. 1997 yılında Assisi iki depremle sarsılmıştır. Bazilikanın çatısının bir kısmı çökerek aşağıda duran dört kişinin ölümüne ve boyalı tavanın hasar görmesine neden olmuştur. İki yıldan kısa bir süre sonra yeniden açılan binanın onarımı için pek çok kişi "bağışta" bulundu (para verdi).