San Francisco Körfezi, Sierra Nevada dağları ve Central Valley'den Sacramento ve San Joaquin nehirleriyle akan ve Kaliforniya'nın yaklaşık yüzde kırkını drene eden suyun Pasifik Okyanusu'na karıştığı sığ ve verimli bir haliçtir. Teknik olarak her iki nehir de Suisun Körfezi'ne akar ve bu nehir Carquinez Boğazı'ndan geçerek güney ucunda San Francisco Körfezi'ne bağlanan San Pablo Körfezi'nin girişinde Napa Nehri ile buluşur, ancak birbirine bağlı tüm koylar grubu genellikle "San Francisco Körfezi" olarak anılır.
San Francisco Körfezi, ABD'nin Kaliforniya eyaletinde yer alır ve San Francisco Körfez Bölgesi olarak bilinen ve San Francisco, Oakland ve San Jose gibi büyük şehirlerin yakınında bulunan bir bölgeyle çevrilidir.
Körfez, hangi alt körfezlerin (San Pablo Körfezi gibi), haliçlerin, sulak alanların ve benzerlerinin ölçüme dahil edildiğine bağlı olarak 400 [1] ila 1.600 [2] mil kare (1.040 ila 4.160 kilometrekare) arasında bir alanı kapsamaktadır.
