San Joaquin Nehri, Amerika Birleşik Devletleri'nde Kaliforniya'nın iki büyük nehrinden biridir. Sacramento Nehri'nden sonra 330 mil (530 km) uzunluğuyla Kaliforniya'nın en uzun ikinci nehridir. Batı Sierra Nevada Dağları'ndan başlayıp batıya ve kuzeye doğru akarak San Francisco Körfezi'nde, Sacramento-San Joaquin Deltası'nda son bulur. Yaklaşık 32.000 mil kare (82.879 kilometrekare) büyüklüğündeki havzasında çoğunlukla tarım arazileri bulunmaktadır. Nehir 22 milyondan fazla Kaliforniya vatandaşına içme suyu sağlamaktadır. En büyük üç kolu Merced, Tuolumne ve Stanislaus nehirleridir.

Nehir bir zamanlar Kaliforniya'daki en zengin nehir ekosistemlerinden biriydi. Ancak şimdi nehrin 60 milden (97 km) fazlası taşkınlar dışında kurudur, çünkü sulama için çok fazla su alınmıştır. Aslında, 1940'larda San Joaquin Nehri üzerinde inşa edilen Friant Barajı'nın altında, nehir akışının yüzde 95'i kurudur. Nehrin büyük bir kısmı kirlenmiş durumda ve bir zamanlar Amerika Birleşik Devletleri'nin en güneyinde bulunan chinook somonlarının tarihi nüfusunu yok etti. Pestisitler, selenyum ve daha birçok toksik madde San Joaquin tarafından San Francisco Körfezi'ne taşınmaktadır.

Şimdi, San Joaquin Nehri'ni eski haline getirmek için Amerika'nın batısındaki en büyük projelerden biri başlatıldı. Doğal Kaynakları Savunma Konseyi, 13 Eylül 2006 tarihinde Friant Barajı kullanıcıları ve Amerika Birleşik Devletleri İçişleri Bakanlığı ile bir anlaşma imzaladı. Bu anlaşma San Joaquin Nehri'ni barajın altında restore ederek kirliliği azaltacaktır.