Kansas Üniversitesi, Naismith'in gelişinin ardından 1898 yılında bir erkek basketbol programı başlattı. Bu, Naismith'in oyunu icat etmesinden sadece altı yıl sonraydı. Naismith, kilise müdürü ve beden eğitimi öğretmeni olarak çalışıyordu. Bu ilk günlerde basketbol maçlarının çoğu yakınlardaki YMCA takımlarına karşı oynanıyordu. Ülke çapındaki YMCA'lar basketbolun doğuşunda çok önemli bir rol oynadı. Diğer yaygın rakipler Haskell Kızılderili Milletler Üniversitesi ve William Jewell Koleji idi. Naismith'in koçluğunda takım şu anki Big 12 okullarından sadece üçüyle oynadı: Nebraska (altı kez), Missouri (iki kez) ve Kansas State (bir kez). Naismith, ironik bir şekilde, program tarihinde mağlubiyet rekoru kıran tek koç oldu (55-60). Ancak Naismith, Kansas'ta koçluk görevini devralan Forrest "Phog" Allen'ın koçluğunu yapmıştır. Allen da Basketbol Şöhretler Müzesi'ne dahil edildi. Allen kendisi de bir koç olduğunda ve 1904 yılında Baker Üniversitesi'nde basketbol koçluğu yapacağını söylediğinde Naismith ona şöyle demişti "Basketbol koçluğu yapamazsın; sadece oynarsın." Allen, "Basketbol Antrenörlüğünün Babası" olarak tanınmasına yol açacak bir antrenörlük kariyerine başladı. Allen, Kansas'ta bulunduğu süre boyunca Dean Smith (1952 Ulusal Şampiyonluk takımı) ve Adolph Rupp'a (1922 Helms Vakfı Ulusal Şampiyonluk takımı) koçluk yaptı. Dean Smith North Carolina'da baş basketbol koçu olarak emekli olduğunda kolej basketbol tarihinde en çok galibiyet alan koçtu, ikinci Adolph Rupp (Kentucky) ve üçüncü Allen'dı. Bu üç koç, Basketbol Şöhretler Müzesi'nin üyeleri olarak Naismith'e katıldılar.
Yüzyılın başında, ABD'nin doğusunda farklı kolejler arasında ilk maçların oynanmasına yetecek kadar kolej takımı vardı. Sporu sürekli gelişmesine rağmen Naismith uzun süre oyununu bir merak olarak gördü ve daha iyi beden eğitimi biçimleri olarak jimnastik ve güreşi tercih etti. Ancak basketbol, ABD'nin St. Louis kentinde düzenlenen 1904 Oyunlarında bir gösteri sporu haline geldi. Basketball Hall of Fame'in bildirdiğine göre, Naismith ne kendi reklamını yapmakla ne de rekabetçi sporların ihtişamıyla ilgileniyordu. Bunun yerine daha çok beden eğitimi kariyeriyle ilgilenmiş, 1910'da fahri beden eğitimi yüksek lisans derecesi almış, 1916'da I. Dünya Savaşı sırasında dört ay boyunca Meksika sınırında devriye gezmiş, Fransa'ya seyahat etmiş, iki kitap ("A Modern College" 1911'de ve "Essence of a Healthy Life" 1918'de) yayınlamış ve 1925'te Amerikan vatandaşı olmuştur.
1935 yılında (Naismith'in öğrencisi Phog Allen tarafından kurulan) Ulusal Basketbol Antrenörleri Birliği, 74 yaşındaki Naismith'in basketbolun 1936 Yaz Olimpiyat Oyunları'nın resmi Olimpik spor programına girmesine tanıklık edebilmesi için para topladı. Naismith orada üç Kuzey Amerika takımına madalyalarını verdi; Altın Madalya için Amerika Birleşik Devletleri, Gümüş Madalya için Kanada ve Bronz madalya için Meksika. Olimpiyatlar sırasında Uluslararası Basketbol Federasyonu'nun Onursal Başkanı seçildi. Naismith ülkesine döndüğünde, oyunun birçok ulus tarafından oynandığını görmenin icadı için alabileceği en büyük ödül olduğunu söylemiştir. 1937 yılında Naismith, daha sonra Ulusal Üniversitelerarası Atletizm Birliği (NAIA) adını alacak olan Ulusal Üniversitelerarası Basketbol Birliği'nin kurulmasında rol oynadı.
Naismith daha sonraki yıllarda Kansas'ta Emeritus Profesör oldu ve 1937 yılında 76 yaşında emekli oldu. Naismith, koçluk yaptığı yıllar da dahil olmak üzere, okulda toplam 40 yıl boyunca atletizm direktörü ve öğretim üyesi olarak görev yapmıştır. Naismith 1939 yılında ölümcül bir beyin kanaması geçirdikten sonra öldü ve Lawrence, Kansas'ta toprağa verildi. Ölümünden sonra "Basketbol - Kökenleri ve Gelişimi" adlı başyapıtı 1941 yılında yayımlandı. Lawrence, Kansas'ta James Naismith'in onuruna, Kansas Üniversitesi'nin basketbol arenası olan Allen Fieldhouse'un (Allen Fieldhouse'un resmi adresi 1700 Naismith Drive'dır) önünden geçen Naismith Drive adında bir yol bulunmaktadır. Bu yol, University Drive'dan güneye doğru uzanan ve KU kampüsünün hemen güneyindeki 24. Cadde'de sona eren dört şeritli ayrılmış bir yoldur. Üniversite ayrıca Allen Fieldhouse'daki sahaya onun onuruna James Naismith Court adını vermiştir. Bir üniversite yurdu olan Naismith Hall, 19. Cadde ve Naismith Drive'ın kuzeydoğu kenarında yer almaktadır.