Matthew Stanley Meselson (d. 24 Mayıs 1930) Harvard Üniversitesi'nde genetikçi ve moleküler biyologdur. Franklin Stahl ile birlikte yarı muhafazakâr DNA replikasyonunu göstermesiyle tanınır.
Meselson, Kaliforniya Teknoloji Enstitüsü'nde Linus Pauling'in yanında doktorasını tamamladıktan sonra 1960 yılında Harvard Üniversitesi'nde Profesör oldu. Bugün de Thomas Dudley Cabot Doğa Bilimleri Profesörü olarak görevine devam etmektedir.
1958'deki ünlü Meselson-Stahl deneyinde o ve Frank Stahl, nitrojen izotopu etiketlemesiyle DNA'nın yarı korunumlu olarak kopyalandığını gösterdi. Ayrıca Meselson, François Jacob ve Sydney Brenner 1961'de mesajcı RNA'nın varlığını keşfetti. Meselson, hücrelerdeki DNA onarımını ve hücrelerin yabancı DNA'yı nasıl tanıyıp yok ettiğini araştırmış ve Werner Arber ile birlikte restriksiyon enzimlerinin keşfinden sorumlu olmuştur.
1963'ten beri kimyasal savaş ve biyolojik savunma ve silahların kontrolü konularıyla ilgilenmektedir. Meselson, Başkan Richard Nixon'ı biyolojik silahlardan vazgeçmeye, kimyasal silah üretimini askıya almaya ve düşmanca amaçlarla biyolojik ajanları yasaklayan uluslararası bir anlaşmayı desteklemeye ikna etmek için Nixon yönetimi altında Henry Kissinger ile birlikte çalıştı. Bu anlaşma 1972 yılında Biyolojik Silahlar Sözleşmesi haline gelmiştir.
Meselson birçok ödül almıştır. Harvard'daki laboratuvarı cinsel üreme, genetik rekombinasyon ve yaşlanmanın biyolojik ve evrimsel doğasını araştırmaktadır. Eski öğrencilerinin çoğu Nobel Ödüllü Sidney Altman, Mark Ptashne, Susan Lindquist, Stephen F. Heinemann ve Richard I. Morimoto gibi önemli biyologlardır.