Johannes Peter Müller (14 Temmuz 1801 - 28 Nisan 1858), Alman fizyolog, karşılaştırmalı anatomist, ihtiyolog ve herpetologdur. 1833 yılında Berlin Üniversitesi'nde fizyoloji profesörü oldu.
Hayatının sonraki döneminde kendini ağırlıklı olarak karşılaştırmalı anatomiye adamıştır. Balıklar ve deniz omurgasızları en sevdiği konulardı. Tuzlu su yaşamını incelemek için Baltık ve Kuzey Denizi'ne, Adriyatik ve Akdeniz'e 19 gezi yaptı.
Kendi döneminde sürüngenler de dahil olmak üzere amfibilerin anatomisi üzerine kapsamlı bir çalışma kaleme almıştır. Ayrıca, birkaç yeni yılan türü tanımlamıştır.
Müller, aralarında Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig ve Ernst Haeckel'in de bulunduğu bazı seçkin fizyolog ve biyologlara danışmanlık yapmıştır. 1834 yılında İsveç Kraliyet Bilimler Akademisi'nin yabancı üyesi seçildi. 1854'te Royal Society'nin Copley Madalyası ile ödüllendirildi.