St. Louis Rams
1999 sezonu
Warner, 1998 normal sezonu ve 1999 sezon öncesi boyunca St. Louis Rams'in yedek oyun kurucusuydu. As oyun kurucuları Trent Green bir sezon öncesi maçında sakatlanınca Warner ilk 11'e geçti. NFL tarihinde bir oyun kurucunun geçirdiği en iyi sezonlardan birini geçiren Warner, 4,353 yarda atarak 41 touchdown pası ve %65.1 tamamlama oranıyla oynadı. Rams'in çok iyi hücumu "The Greatest Show on Turf" olarak adlandırıldı. Oynayan ana oyun kurucu olduğu ilk üç maçta, her maçta üç touchdown pası attı. Tarihte bunu yapan tek NFL oyun kurucusudur ve Dan Marino'nun ardından ilk iki NFL başlangıcında bunu yapan sadece ikinci kişidir.
Pek çok kişi Warner'ın kim olduğunu bilmediği için Sports Illustrated 18 Ekim 1999 tarihli kapağına "Bu adam kim?" başlığını koymuştur. Sezon sonunda 1999 NFL MVP'si seçildi. NFL playofflarında Rams'i Tennessee Titans'a karşı Super Bowl XXXIV galibiyetine taşıdı. İki touchdown ve Super Bowl rekoru olan 414 pas yardası attı. Ayrıca 45 pası hiç durdurmadan atarak bir Super Bowl rekoru kırdı.
Rams'in Super Bowl galibiyetinin hemen ardından bir röportajcı Warner'a "Kurt, her şeyden önce bana Isaac'e attığın son gol pasını anlat" diye sordu. O da şöyle cevap verdi: "Her şeyden önce, yukarıdaki Rabbim ve Kurtarıcıma teşekkür etmeliyim--Teşekkür ederim İsa!" Super Bowl MVP ödülünü aldı. Böylece aynı yıl içinde hem lig MVP'si hem de Super Bowl MVP'si ödüllerini kazanan altı oyuncudan biri oldu. Diğerleri 1966'da Bart Starr, 1978'de Terry Bradshaw, 1989'da Joe Montana, 1993'te Emmitt Smith ve 1994'te Steve Young.
2000 sezonu
Warner 2000 sezonunda da iyi oynadı. Warner ve Trent Green o sezon oyun kurucu olarak oynadı ve ikisi de iyi oynadı. Ancak Rams playoffların wild card turunda New Orleans Saints'e kaybetti, bunun nedeni Warner ve hücumlarının geri kalanı hala çok iyi olmasına rağmen savunmalarının çok iyi olmamasıydı. Rams'in on bir savunma oyuncusundan dokuzu offseason'da kesildi ve Green Kansas City Chiefs'e takas edildi.
2001 sezonu
Warner 2001 sezonunda çok iyi oynadı. Lig rekoru olan 36 touchdown pası ve 4,830 pas yardası ile kariyerinin en yüksek tamamlama oranı olan %68.7'yi yakaladı. Rams'i NFL'in en iyi 14-2'lik derecesine taşıdı ve Super Bowl XXXVI'ya gittiler, ancak New England Patriots'a kaybettiler. Sezon sonunda ikinci kez NFL MVP'si seçildi.
2002 ve 2003 sezonları
Sezona 0-3 ile başlayan Warner, yedi kez top çaldı ve sadece bir gol attı. Dallas Cowboys'a karşı oynadıkları dördüncü maçta, fırlatma elinin bir parmağı kırıldı. Sezonun ilerleyen dönemlerinde geri dönmeye çalışsa da, sakatlığı iki maç daha oynayabilmesine neden oldu ve ikisini de kaybetti. O sezondan önceki 103.4'lük kariyer pasör reytinginin aksine 2002'de sadece 67.4 reytinge sahipti. New York Giants'a karşı oynanan 2003 sezonunun açılış maçında altı kez hata yapmasının ardından Rams'in ana oyun kurucusu olarak değiştirildi. Rams oyun kurucusu olarak onun yerine geçen Marc Bulger iki kez Pro Bowl'a seçildi.
New York Giants
Rams, Warner'ı 1 Haziran 2004'te serbest bıraktı. Sadece iki gün sonra New York Giants ile iki yıllık bir anlaşma imzaladı. 2004 sezonuna ana oyun kurucu olarak başladı. İlk yedi maçının beşini kazandı, ancak iki maçlık mağlubiyet serisinde iyi oynamayınca çaylak oyun kurucu Eli Manning as oyun kurucu yapıldı. Giants koçu Tom Coughlin daha sonra Warner'ı asla oynatmaması gerektiğini ve Manning'e güvenini kazanması için gereken deneyimi kazandırmak amacıyla onu en başından itibaren oynatması gerektiğini söyledi. Manning oynamaya başladığında Giants'ın 5-4 galibiyet-mağlubiyet derecesi vardı ve toplamda 6-10'da bitirdiler (Manning yönetiminde sadece 1-6).
Arizona Cardinals
2005 sezonu
2005 yılının başlarında Warner, Arizona Cardinals ile bir yıllık, 4 milyon dolarlık bir sözleşme imzaladı. Kısa süre sonra koç Dennis Green tarafından ana oyun kurucu olarak atandı. Kasığından sakatlanmadan önce üç maçta kötü oynadı. Daha sonra yerine eski oyuncusu Josh McCown getirildi. McCown, Warner'ın sakatlığı sırasında iki maçta yeterince iyi oynadı ve koç Green McCown'ı sezonun geri kalanı için ilk beş oyun kurucu olarak seçti.
Warner yedek oyun kurucu olduğu için birçok kişi onun bir daha asla asıl oyun kurucu olamayacağını düşünüyordu. Ancak McCown üst üste iki maçta kötü oynadığı için koç Green, Warner'ı asıl oyun kurucu yaptı. Sonraki üç hafta iyi oynadı ama 15. haftada MCL'sini kısmen yırtınca sezonu sona erdi.
2006 sezonu
Warner 14 Şubat 2006 tarihinde Cardinals ile üç yıllık yeni bir anlaşma imzaladı. Anlaşmanın taban maaşı 18 milyon dolardı, ancak iyi oynarsa üç yıl içinde 22 milyon dolara kadar çıkabilirdi.
2006 sezonunun 3. haftasında Warner, 76. maçında 20.000 yardalık pas barajını geçti. Bu sayı rekorun sahibi Dan Marino'dan bir maç fazlaydı ancak Warner bunu 9. yılında, Marino ise 5. yılında başarmıştı. Matt Leinart'ın 2-4. haftalar arasındaki üç maçta kötü oynamasının ardından Warner 4. haftanın dördüncü çeyreğinde çaylak Leinart'ın yerine oyuna girdi. Leinart 16. haftada San Francisco 49ers'a karşı omzundan sakatlanınca Warner 4. haftadan beri ilk kez oynayabildi. O maçta iyi iş çıkardı ve Cardinals maçı kazandı.
2007 sezonu
Baltimore Ravens'a karşı oynanan 2007 sezonunun üçüncü maçında Warner yedek kulübesinden çıktı çünkü Leinart yine iyi oynamıyordu. Geri dönüşe liderlik etti ve 20 denemede 15 pası 258 yarda ve 2 touchdown ile tamamladı. Bu onları beraberliğe getirdi (23-23), ancak Ravens son saniyede bir saha golü attıktan sonra Arizona maçı 26-23 kaybetti. 30 Eylül 2007'de, Pittsburgh Steelers'a karşı oynanan 4. Hafta maçında, yine iyi oynamadığı için Leinart'ın yerine oyuna girdi. Leinart daha sonra sakatlık rezervine alındı ve Warner 2007 sezonunun geri kalanında ilk 11'de oynamaya başladı.
Warner 2007 sezonunda 27 pas golü atarak Cardinals'ın rekorunun sadece bir puan gerisinde kaldı. İyi oynadığı için o yıl kendisine 1 milyon dolar bonus verildi. 3,417 pas yardası, 27 touchdown pası ve 89.8 pasör reytingi 2001 sezonundan beri en iyi dereceleriydi.
2008 sezonu/playofflar
Matt Leinart 2008 sezonu için Cardinals'ın ilk beş oyuncusu olarak belirlenmişti, ancak Ken Whisenhunt sezon başlamadan önce Warner'ın Cardinals'ın ilk beş oyuncusu olabileceğini söyledi. Warner 30 Ağustos 2008 tarihinde ilk beş oyuncusu olarak seçildi. O sezon Warner çok iyi bir sezon geçirdi ve 16 Aralık 2008'de 2009 Pro Bowl'da NFC takımının ilk oyun kurucusu seçildi. Warner ve Cardinals playoff maçlarının üçünü de kazandı, ancak Super Bowl'da Pittsburgh Steelers'a kaybetti. Bu Warner'ın Super Bowl rekorunu 1-2 yaptı. Focus on the Family'nin başkanı James Dobson Warner'ı desteklemiş, hatta 30 Ocak 2009'da Warner ve eşinin bir radyo klibini tekrar yayınlamıştır.