Lecompton 1854 yılında Kansas Nehri'nin güney yakasındaki bir kayalıkta kurulmuştur. İlk başta şehrin adı "Bald Eagle" idi, ancak bölge yüksek mahkemesinin baş yargıcı Samuel Lecompte'un onuruna adı Lecompton olarak değiştirildi. 1855 baharında kasaba Kansas Bölgesi'nin başkenti oldu. Başkan James Buchanan, Lecompton'da devlet daireleri oluşturmak üzere bir vali ve yetkililer seçti. Lecompton'daki ilk postane Eylül 1855'te kuruldu.
1857 sonbaharında Constitution Hall'da bir kongre toplandı. Kansas'ı bir köle devleti haline getirecek olan ünlü Lecompton Anayasasını hazırladılar. Anayasa, ulusal çapta yapılan şiddetli tartışmaların ardından reddedildi ve Lincoln-Douglas münazaralarının ana fikirlerinden biri oldu. Tartışma, iç savaşa dönüşen kavgayı daha da büyüttü. Lecompton Anayasası kısmen başarısız oldu çünkü 1857 seçimlerinde kölelik karşıtları bölgesel yasama organının kontrolünü ele geçirdi. Yeni yasama organı Constitution Hall'da toplandı ve hızla kölelik yanlısı yasalardan kurtulmaya başladı.
Özgürlükçüler kısa bir süre sonra bölge başkentini oylama yoluyla Minneola, Franklin County, Kansas'a taşımaya çalıştılar, ancak sonuçta ortaya çıkan yasa tasarısı daha sonra Kansas bölge valisi James W. Denver tarafından reddedildi ve Birleşik Devletler Başsavcısı Jeremiah S. Black tarafından geçersiz kılındı. Böylece Lecompton hukuken bölgesel başkent olarak kaldı. Bu durum, Kansas 29 Ocak 1861'de eyalet olduğunda Topeka'nın başkent olmasına kadar sürdü. Amerikan İç Savaşı 12 Nisan 1861'de başladı.