Amerikan İç Savaşı üç önemli kara bölgesinde ya da "tiyatroda" gerçekleşmiştir. Doğu tiyatrosu Appalachian Dağlarının doğusundaki tüm toprakları kapsıyordu. Batı tiyatrosu ise Appalachian Dağları ile Mississippi Nehri arasında ve nehir boyunca kalan her yeri kapsıyordu. Trans-Mississippi tiyatrosu Mississippi nehrinin batısındaki toprakları içeriyordu.
Hem Birleşik Devletler'in hem de Konfederasyon'un başkentleri Doğu tiyatrosundaydı. Washington D.C. 1800'den beri ABD'nin başkentiydi. Güney ayrıldığında, ilk olarak Montgomery, Alabama'yı seçti ancak kısa süre sonra Richmond, Virginia'yı Konfedere Devletlerin başkenti olarak değiştirdi. Richmond ve Washington arasında sadece 90 mil (145 km) mesafe vardır. Savaşın ilk muharebelerinden biri Virginia'da yapılmıştır. Bu Birinci Bull Run Muharebesi 21 Temmuz 1861 tarihinde gerçekleşmiştir. Savaşı Konfederasyonlar kazanmıştır. Birlik Potomac Ordusu daha sonra 1862 baharında Yarımada Seferi sırasında Richmond'u ele geçirmeye çalıştı. Bu sırada Robert E. Lee, Kuzey Virginia Ordusu'nun komutasını aldı ve Birlik ordusunu yenilgiye uğrattı. Ardından Ağustos 1862'de İkinci Bull Run Muharebesini kazandı. Lee, Maryland'i işgal ederek savaşı kazanmaya çalıştı. Antietam Muharebesi'ni kaybedince Virginia'ya geri çekildi.
Amerikan İç Savaşı'nda çok sayıda deniz savaşı oldu ancak Birlik donanması çok daha güçlüydü. Lincoln, Konfederasyonları abluka altına aldı, bu da Birlik donanmasının hiçbir geminin güney limanlarına girmesine veya çıkmasına izin vermeyeceği anlamına geliyordu. Konfederasyonlar Avrupa'dan bir şeyler getirmek için abluka koşucuları adı verilen gemileri kullandılar. Konfederasyonun getirdiği şeyler arasında silahlar da vardı. Her iki tarafın donanmaları da nehirlerde savaştı. Gemiler arasında yanları demirle korunan ironclads ve yanlarında pamuk kullanılan cottonclads vardı. Hampton Roads Muharebesi sırasında Konfederasyon'un demir kaptanı Virginia, Birlik'in demir kaptanı Monitor'e karşı savaştı. Bu, dünya tarihinde ilk kez iki demirkladın birbiriyle savaşmasıydı.
Batı tiyatrosunda, çatışmaların çoğu Mississippi Nehri boyunca yaşandı. Ulysses S. Grant batıda önemli bir Birlik generaliydi. Konfederasyonlar 1861 yazı boyunca askerlerini Kentucky eyaletine göndermeye çalıştı. Birlik ordusu 1862'nin ilk aylarında Konfederasyonları Kentucky'den ve batı Tennessee'den geri çekilmeye zorladı. Konfederasyonlar Shiloh Muharebesi'nde Grant'ın ordusuna saldırarak Tennessee'nin batısını yeniden ele geçirmeye çalıştı. Grant savaşı kazandı. Konfederasyonlar daha sonra 1862 sonbaharında askerlerini Kentucky'nin doğusuna göndermeye çalıştı. Perryville Muharebesi'ni kaybettikten sonra Kentucky'den ayrıldılar.
Kuzey, Mississippi Nehri'nin neredeyse tamamının kontrolünü kazandı. Bu, 1862 sonbaharı ve 1863 baharında nehir boyunca uzanan şehirlerin ele geçirilmesiyle gerçekleşti. Ancak Konfederasyon hala önemli bir şehir ve kale olan Vicksburg'u elinde tutuyordu. Şehri ellerinde tuttukları takdirde Konfederasyonlar nehrin bir yakasından diğer yakasına asker ve malzeme taşıyabileceklerdi. Grant, Mayıs 1863'te Vicksburg Kuşatması'nı başlattı. Kuşatma uzun süre devam etti. 4 Temmuz 1863'te Vicksburg'daki Konfederasyonlar Grant'a teslim oldu. Bu savaşın dönüm noktalarından biriydi, çünkü Konfederasyonu ikiye böldü.
Mississippi nehri vadisinin batısında, Trans-Mississippi tiyatrosunda da savaşlar oldu. Örneğin, Wilson's Creek Muharebesi9587 ve Pea Ridge Muharebesi iki önemli muharebeydi. Konfederasyonlar Şubat ve Mart 1862'de New Mexico'yu işgal etmeye çalıştılar ancak Glorieta Geçidi Muharebesi'nde yenildiler. Birlik Vicksburg'u ele geçirdikten sonra bu bölge Konfederasyon eyaletlerinin geri kalanından ayrılmıştır. Vicksburg'un ele geçirilmesinden sonra bu bölgede başka savaşlar da oldu.
Batıdaki Vicksburg kuşatması sırasında doğuda bir başka dönüm noktası yaşandı. Bazı savaşları kazandıktan sonra Lee, Kuzey'i tekrar işgal etmeye karar verdi. Lee ve Kuzey Virginia Ordusu Pennsylvania'ya girdi. Konfederasyon Ordusu, Birlik Ordusu ile Gettysburg, Pennsylvania yakınlarında karşılaştı. İki ordu Gettysburg Savaşı'nı yaptı. Bu savaş üç gün sürdü: 1-3 Temmuz 1863. Gettysburg'da diğer tüm İç Savaş muharebelerinden daha fazla asker öldü. Savaşı Birlik kazandı. Böylece Konfederasyon Ordusu'nun Kuzey'e doğru ilerleyişi durduruldu. Lee ve birlikleri Güney'e geri püskürtüldü.
Bundan sonra Başkan Lincoln, Grant'in en iyi generali olduğuna karar verdi. Grant'i tüm Birlik ordularının başına geçirdi. Lincoln ayrıca William T. Sherman'ı Georgia'daki Birlik birliklerinden sorumlu general yaptı. Grant, Lee'nin ordusuna birçok saldırı düzenledi. Bu savaşlar Overland Seferi'ni oluşturdu. Bu arada Sherman Atlanta ve Savannah'yı yaktı. Bunu Güney'i zayıflatmak ve Güneylilerin Konfederasyon Ordusu'na yiyecek ve diğer ihtiyaç maddelerini sağlamasını zorlaştırmak için yaptı. Sherman daha sonra Güney Carolina ve Kuzey Carolina üzerinden kuzeye yürüdü. Konfederasyon generali Joseph E. Johnston, Bentonville Muharebesi'nde Sherman'a saldırdı. Sherman savaşı kazandı.
Lee Virginia'da dayanabildiği kadar dayandı. Sonunda, daha fazla asker ve malzemeye sahip olan Birlik ile savaşmaya devam etmek için çok az askeri olduğuna karar verdi. Lee, 9 Nisan 1865'te Appomattox Court House yakınlarında Grant'a teslim oldu. Lee'nin teslim olmasından sonra diğer birçok Konfederasyon ordusu da teslim oldu. Teslim olan son Konfederasyon generali Tuğgeneral Stand Watie'ydi. O da 23 Haziran 1865'te Oklahoma'da teslim oldu.
Savaş sona erdikten sonra Başkan Lincoln tüm Konfederasyon askerlerini affetti. Bu, Konfederasyon askerlerinin Birlik'e karşı savaştıkları için tutuklanmayacakları ya da cezalandırılmayacakları anlamına geliyordu. Güney eyaletlerinin Birleşik Devletlere yeniden katılmasına izin verilecekti. Ancak bazı Konfederasyon askerleri Birleşik Devletlere dönmek istemedi. Bu kişilerden bazıları Meksika ya da Brezilya'ya taşındı.