Hücre çekirdeği (çoğul: hücre çekirdeği) hücrenin genlerini içerir ve hücrenin büyümesini ve üremesini kontrol eder. Etrafında çift katmanlı bir çekirdek zarı vardır. Çekirdek genellikle bir hücredeki en belirgin organeldir. Çekirdek küçük ve yuvarlaktır ve hücrenin kontrol merkezi olarak çalışır. DNA'yı barındıran kromozomları içerir. İnsan vücudu milyarlarca hücre içerir ve bunların çoğunun çekirdeği vardır.

Tüm ökaryot organizmaların hücrelerinde çekirdek vardır, hatta tek hücreli olan birçok ökaryotta bile. Prokaryotlar olan Bakteriler ve Arkeler, farklı türde tek hücreli organizmalardır ve çekirdekleri yoktur. Hücre çekirdeği ilk olarak 17. yüzyılda Antonie van Leeuwenhoek tarafından bulunmuştur.

Çekirdeğin etrafında bir zar vardır ancak içindeki şeyler zarla kaplı değildir. İçinde birçok protein, RNA molekülleri, kromozomlar ve nükleolus bulunur. Çekirdekçikte ribozomlar bir araya getirilir. Çekirdekçikte üretildikten sonra ribozomlar sitoplazmaya ihraç edilir ve burada mRNA'yı proteinlere çevirirler.

Bir hücre bölündüğünde veya bölünmeye hazırlandığında, kromozomlar ışık mikroskobu ile görünür hale gelir. Kromozomların görünmediği diğer zamanlarda nükleolus görünür olacaktır.