Mississippi Ordusu (Mississippi Konfederasyon Ordusu olarak da adlandırılır) Amerikan İç Savaşı sırasında bir Konfederasyon ordusuydu. Mississippi Birlik Ordusu ile karıştırılmamalıdır. Ordu 29 Mart 1862 tarihinde kurulmuştur. Komutanı Tümgeneral Albert Sidney Johnston, ikinci komutanı ise Tümgeneral P. G. T. Beauregard idi. Johnston'ın Shiloh Muharebesi'nde ölümünden sonra Beauregard komutayı devraldı. Ondan sonra bir dizi komutan geldi. Kasım 1862'de Mississippi Ordusu'nun adı Tennessee Ordusu olarak değiştirildi. Mississippi Ordusu adı verilen ikinci ordu Aralık 1862'de Korgeneral John C. Pemberton komutasında kuruldu. Bu ordunun kafa karıştırıcı sayıda ek ismi vardı. Tümgeneral Sterling Price komutasındaki II. kolordu "Batı Tennessee Ordusu" olarak adlandırıldı. Batı Ordusu olarak da adlandırıldı. Ocak 1863'te her iki kolordu (I. kolordu ve II. kolordu) tümenlere dönüştürüldüğünde, Mississippi Ordusu adını bıraktılar. Leonidas Polk I. Kolorduya komuta etmişti. Mayıs 1864'te Polk'un birlikleri Joseph E. Johnston'un Tennessee Ordusu ile birleşerek üçüncü Mississippi Ordusunu oluşturdu. Polk Haziran 1862'de öldürüldükten sonra orduya sadece Alexander P. Stewart'ın kolordusu adı verildi.