Metanojenler, anoksik koşullarda metabolik bir yan ürün olarak metan üreten mikroorganizmalardır. Bu organizmalar bakterilerden farklı bir alan olan arkelerdir. Bataklık gazı ürettikleri sulak alanlarda yaygındırlar.
Metanojenler geviş getiren hayvanlar ve insanlar gibi hayvanların sindirim sistemlerinde de yaygındır. Metan genellikle dışarı atılır.
Deniz çökeltilerinde metan, sülfatlar düşük olduğunda üretilir. Bu, üst katmanların altında gerçekleşir. Metanojenik arkea popülasyonları anaerobik atık su arıtımında önemli bir rol oynamaktadır. Bazı metanojenler, sıcak su kaynakları ve denizaltı hidrotermal bacaları gibi ortamların yanı sıra yüzeyin kilometrelerce altındaki yer kabuğunun "katı" kayalarında bulunan ekstremofillerdir.
Metanojenler bir fermantasyon sürecinde asetik asidi metana dönüştürür. Bunları, karbon ve enerji gereksinimleri için metan kullanan metanotroflarla karıştırmayın.