Protein Veri Bankası

Yazar: Leandro Alegsa

18-06-2022

Protein Veri Bankası (PDB), proteinler ve nükleik asitler gibi büyük biyolojik moleküllerin üç boyutlu (3-D) yapısı hakkında bir bilgi koleksiyonudur. Dünyanın dört bir yanından biyologlar ve biyokimyacılar verileri göndermektedir. Verilerin çoğu X-ışını kristalografisi veya NMR spektroskopisinden gelmektedir. PDB'ye herkes online olarak ücretsiz erişebilir. Dünya Çapında Protein Veri Bankası, wwPDB, PDB'yi yönetmektedir.

PDB, yapısal biyoloji ve yapısal genomik üzerine çalışan bilim insanları için faydalıdır. Birçok bilim insanı bilgilerini veri tabanına göndermek zorundadır. Başlıca bilimsel dergiler ve Amerika Birleşik Devletleri'ndeki Ulusal Sağlık Enstitüleri gibi bazı finansman kurumları, bilim insanlarına verileri PDB'ye göndermelerini söyleyen kurallara sahiptir. PDB orijinal ya da birincil verilere sahiptir. Yüzlerce başka veri tabanı bu verileri yeniden kullanır. Bu ikincil veri tabanları bilgileri farklı şekillerde düzenler. Örneğin, hem SCOP hem de CATH yapıları, yapı türüne ve evrim yoluyla nasıl ilişkili olduklarına dair fikirlere göre düzenlenmiş gruplara yerleştirir. Gen ontolojisi verileri genlere göre gruplara ayırır.

İlgili sayfalar

Moleküler Hareketler Veritabanı
The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) - bölgesel ana bilgisayarların ana sitesi (aşağıda)

RCSB Protein Veri Bankası (ABD)
PDBe (Avrupa)
PDBj (Japonya)
BMRB, Biyolojik Manyetik Rezonans Veri Bankası (ABD)

wwPDB Dokümantasyonu - hem PDB hem de PDBML dosya formatları hakkında dokümantasyon
Yapılara Bakmak - RCSB'nin kristalografiye giriş kitabı
PDBsum Ana Sayfası - PDB yapıları hakkında diğer veritabanlarından veri çıkarır.
Nükleik Asit Veritabanı, NDB - özellikle nükleik asitleri aramak için bir PDB aynası
PDB sponsorluğunda PDB tanıtım eğitimi

Sorular ve Yanıtlar

S: Protein Veri Bankası (PDB) nedir?

C: Protein Veri Bankası (PDB), proteinler ve nükleik asitler gibi büyük biyolojik moleküllerin üç boyutlu (3-D) yapısı hakkında bir bilgi koleksiyonudur.

S: PDB'deki veriler nereden geliyor?

C: Verilerin çoğu X-ışını kristalografisi veya NMR spektroskopisinden gelmektedir.

S: PDB için verileri kim gönderir?

C: Dünyanın dört bir yanından biyologlar ve biyokimyacılar verileri göndermektedir.

S: PDB'ye herkes erişebilir mi?

C: Evet, herkes PDB'ye çevrimiçi olarak ücretsiz erişebilir.

S: PDB'yi kim yönetiyor?

C: PDB'yi Dünya Çapında Protein Veri Bankası (wwPDB) yönetmektedir.

S: PDB bilim insanları için neden yararlıdır?

C: PDB, yapısal biyoloji ve yapısal genomik üzerine çalışan bilim insanları için yararlıdır.

S: Bilgilerini PDB'ye kimler gönderir?

C: Birçok bilim insanı bilgilerini veri tabanına göndermek zorundadır. Başlıca bilimsel dergiler ve Amerika Birleşik Devletleri'ndeki Ulusal Sağlık Enstitüleri gibi bazı fon sağlayıcı kuruluşlar, bilim insanlarına verileri PDB'ye göndermelerini söyleyen kurallara sahiptir.