Vajinal flora veya mikrobiyota, bir kadının sağlıklı üreme organlarının bir parçası olan küçük mikroorganizmalardır. İnsanlarda, insan vücudunun normal bir parçası olan çok sayıda küçük organizma vardır. Bu mikroorganizmalar sadece mikroskop ile görülebilir. Bu organizmalar bakteri ve mantarlardır. Hemen hemen hepsi hastalığa neden olmaz, ancak yine de vücudun içinde veya dışında bulunmaları normaldir.

Bu küçük mikroorganizmalar araştırmacılar tarafından mikrobiyota olarak adlandırılmaktadır. Midede, deride, ağızda, gözlerde ve vajinada mikrobiyota bulunmaktadır. İnsanlardaki mikrobiyota, diğer bakterilerin neden olduğu enfeksiyonları durdurmaya yardımcı olur. Vajinal mikrobiyota vajinanın sağlıklı kalmasına yardımcı olur. Diğer bakterilerin neden olduğu enfeksiyonları önlemeye yardımcı olurlar. Hastalığa veya enfeksiyona neden olan bakterilere patojen denir. Normal vajinal mikrobiyota patojenlerin büyümesini durdurur.

Bir kadın vajinasından sıvı geldiği için doktora gittiğinde, doktor bakteri patojenleri için kadını test edebilir. Patojenler çok hızlı büyüyebilir. Normal ve sağlıklı vajinal mikrobiyotadan daha hızlı büyüyebilirler. Bir enfeksiyon vajinadan sıvı gelmesine neden olabilir. Buna vajinal akıntı denir. Vajinayı hastalıktan uzak tutan iyi ve sağlıklı bir bakteriye Lactobacillus denir. Vajinayı sağlıklı tutan başka iyi bakteriler de vardır. Bazılarının isimleri şunlardır: Peptostreptococcus, Propionibacterium ve Actinomyces.

Eğer bir kadın cinsel yolla bulaşan bir hastalığa yakalanırsa, bu vajinal mikrobiyotayı değiştirecektir. Sağlıklı vajinal mikrobiyota cinsel yolla bulaşan bir enfeksiyonu durduramaz veya tedavi edemez.