İnsan mikrobiyomu (veya insan mikrobiyotası), üzerimizde yaşayan mikroorganizmalar topluluğudur. Deride, tükürükte ve ağızda, gözlerde, bağırsakta ve gastrointestinal sistemin geri kalanında yaşarlar. Bakteriler, arkeler, mantarlar ve tek hücreli ökaryotları ('protozoa') içerirler. Herkes vücudundaki insan hücresi sayısından çok daha fazla sayıda bu mikroplardan taşır. İnsan vücudu yaklaşık 100 trilyon hücreye sahiptir ve sadece bağırsaklarda bunun yaklaşık on katı kadar mikroorganizma taşır.
Mikrobiyom, "vücut alanımızı tam anlamıyla paylaşan komensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların ekolojik topluluğudur". Bu terim ilk olarak Joshua Lederberg tarafından ortaya atılmıştır. Sağlıkta ve hastalıkta insan vücudunda yaşayan mikroorganizmaların önemli olduğunu düşünüyordu. Birçok bilimsel makale, sırasıyla çevresel bir nişte yaşayan mikroorganizmaların kolektif genomlarını veya mikroorganizmaların kendilerini tanımlamak için "mikrobiyom" ve "mikrobiyota" arasında ayrım yapmaktadır. Ancak, orijinal tanımlarına göre bu terimler büyük ölçüde eş anlamlıdır.
Bu organizmalardan bazıları insanlar için faydalıdır. Ancak çoğunun bilinen bir etkisi yoktur. Onlar sadece simbiyonttur: bizimle birlikte yaşarlar. Mevcut olması beklenenler normal floranın üyeleridir. Normal şartlar altında hastalığa neden olmazlar, hatta sağlığımıza yardımcı bile olabilirler. 2009 yılında yapılan çalışmalarda, bu biyotayı azalttığımızda sağlığımızın zarar görüp görmeyeceği sorulmuştur. Bağırsak florası için durum kesinlikle böyledir.
Her ne kadar "flora" bakterilerden ziyade bitkileri ifade etse de, "bağırsak florası" terimi yaygın olarak kullanılmakta ve biyologların aşina olduğu bir terimdir. 'Biyota' bir ekosistemdeki toplam organizma topluluğunu ifade eder. 'Mikrobiyota' terimi bakteriler ve diğer mikroorganizmalar için en iyisidir, ancak şüphesiz 'flora' da sıklıkla kullanılacaktır.
Tartışılan mikroplar genellikle patojenik değildir (anormal şekilde büyümedikleri sürece hastalığa neden olmazlar); konakçılarıyla uyum içinde ve simbiyotik olarak var olurlar.
Araştırmacılar, insan vücudunda bulunan mikrop popülasyonunun çoğunun bakteri değil, arkea adı verilen çok eski bir tek hücreli organizma sınıfı olduğunu öğrendi. Bunlar arasında metan üreten ve şişkinliğe neden olabilen metanojenler de bulunmaktadır.
