Bağırsak florası, hayvanların sindirim sisteminde yaşayan mikroorganizmalardan oluşur. İnsan mikrobiyomundaki en büyük mikrop rezervuarıdır.
Yaklaşık 100 trilyon hücreden oluşan insan vücudu, bağırsaklarda bunun yaklaşık on katı kadar mikroorganizma taşır. Bu bakteriler tarafından gerçekleştirilen metabolik faaliyetler bir organınkine benzemektedir, bu da bazılarının bağırsak florasını 'unutulmuş organ' olarak adlandırmasına yol açmaktadır. Bu bağırsak florasının toplamda insan genomunun yaklaşık 100 katı kadar gene sahip olduğu tahmin edilmektedir.
Bakteriler kolondaki floranın çoğunu ve kuru dışkı kütlesinin %60'ını oluşturur. Bağırsaklarda 300 ila 1000 arasında farklı tür yaşamaktadır ve çoğu tahmin 500 civarındadır. Ancak bakterilerin %99'unun yaklaşık 30 ya da 40 türden oluşması muhtemeldir. Mantarlar ve protozoalar da bağırsak florasının bir bölümünü oluşturur, ancak faaliyetleri hakkında çok az şey bilinmektedir.
Araştırmalar, bağırsak florası ile insanlar arasındaki ilişkinin sadece kommensal (zararlı olmayan bir birliktelik) değil, simbiyotik bir ilişki olduğunu göstermektedir. İnsanlar bağırsak florası olmadan hayatta kalabilse de, mikroorganizmalar kullanılmayan enerji substratlarını fermente etmek, bağışıklık sistemini eğitmek, zararlı, patojen bakterilerin büyümesini önlemek, bağırsak gelişimini düzenlemek, konak için vitamin üretmek (biyotin ve K vitamini gibi) ve konağı yağ depolamaya yönlendirmek için hormon üretmek gibi bir dizi yararlı işlevi yerine getirir. Bununla birlikte, bazı durumlarda, bazı türler enfeksiyon üreterek veya konakçı için kanser riskini artırarak hastalığa neden olabilir.
Polifenoller, oligosakkaritler ve polisakkaritler gibi gıda bileşikleri iyi bakteriler için faydalı olabilir ve insan bağırsak florasının patojenik türlerini azaltmaya yardımcı olabilir.
Bağırsaklardaki bakterilerin %99'undan fazlası anaerobiktir, ancak çekumda aerobik bakteriler yüksek yoğunluklara ulaşır.
Geleneksel görüş, hiçbir metazoan filumunun selülaz enzimi üreterek selülozu parçalayamayacağı yönündedir. Bunun yerine, otçullar bağırsaklarında selülaz üreten mikroorganizmalar içerirler. Bu önemlidir çünkü selüloz yeryüzündeki en yaygın organik bileşiktir. Tüm bitkisel maddelerin yaklaşık %33'ü selülozdur (pamuktaki selüloz oranı %90, odundaki selüloz oranı ise %40-50'dir). Son zamanlarda, bazı hayvanların kendi selülazlarını ürettiklerine dair kanıtlar ortaya çıkmıştır. Bu soru henüz tam olarak çözülmüş değildir.

