Tarih öncesi
Arkeolojik araştırmalar, Salibabu adasındaki Liang Sarru mağarasındaki kanıtlara dayanarak Kuzey Sulawesi'de 30.000 yıl öncesinden bu yana insan yaşamına dair işaretler ortaya çıkardı. Diğer kanıtlar ise Kakas Bölgesi'ndeki Passo Yamaç Sitesi'nde yaklaşık 6.000 yıl önce ve Karakelang Adası'ndaki Arangkaa'da bulunan Liang Tuo Mane'e mağarasında 4.000 yıl öncesinden MS başlarına kadar yaşam olduğunu göstermektedir.
Erken dönem
Koloni Dönemi
16. yüzyılın sonunda Portekizliler ve İspanyollar Kuzey Sulawesi'ye geldi. Portekiz, Kuzey Sulawesi'ye gelen ilk batılı ulustur. Bir Portekiz gemisi Manado'ya indi Maguindanao Sultanlığı o dönemde kuzey adalarını kontrol ediyordu. Portekizliler Amurang'da bir kale inşa etti.
İspanyol gemisi Ternate'ye gitmek üzere Talaud ve Siau adalarına yanaştı. İspanya Manado'da bir kale inşa etti ve o tarihten itibaren Minahasa İspanya'nın kontrolüne geçti. İspanyol işgaline karşı direniş 1660-1664 yıllarında doruğa ulaştı.
Hollanda gemisi 1660 yılında Minahasa Konfederasyonu'nun İspanya'ya karşı verdiği mücadeleye yardım etmek için Manado Şehrine indi. Minahasa Konfederasyonu üyelerinden oluşan Birleşmiş Milletler cumhuriyetçi birliği VOC ile bir Ticaret Anlaşması imzaladı. Bu ticari işbirliği anlaşması daha sonra VOC'nin ticareti tekeline almasını sağlamış ve VOC yavaş yavaş kendi iradesini dayatmaya başlamış ve sonunda 1700'lerde Ratahan'da direnişe yol açarak 1809-1811 yıllarında Tondano'da Hollanda Minahasa Savaşı ile sonuçlanmıştır.
İspanyollar Filipin Adaları'nı çoktan sömürgeleştirmişti. Minahasa'yı bir kahve plantasyonu haline getirdiler. İspanya, Manado'yu Çinli tüccarlar için bir kahve ticareti merkezi haline getirdi. Bazı Minahasan kabileleri 1550'lerde Amurang'daki Portekiz kalesinin ele geçirilmesinde İspanya'ya yardım etti. İspanyol sömürgeciler daha sonra Manado'da bir kale inşa ettiler. Sonunda İspanya tüm Minahasa'yı kontrol etti.
16. yüzyılda takımadalardaki ilk Hint-Avrasya topluluklarından biri Manado'daydı. Manado'nun ilk kralı Muntu Untu'ydu (1630). Yarı İspanyol kökenliydi. İspanya daha sonra bir antlaşmayla Minahasa'yı 350.000 düka altını karşılığında Portekizlilere verdi. Minahasa yöneticileri Portekizlileri Minahasa'dan çıkarmak için Supit, Pa'at ve Lontoh'u Hollandalılarla savaşmaya gönderdi. 1655'te başarılı oldular. 1658'de kendi kalelerini inşa ettiler ve birkaç yıl sonra son Portekizliyi de zorla çıkardılar.
Hollandalılar 17. yüzyılın başlarında Ternate sultanlığını devirmişlerdi. İspanya ve Portekiz'in takımadalardaki gücünü azaltmaya başladılar. 1677'de Hollandalılar Sangir takımadalarını fethetti. İki yıl sonra Maluku valisi Robert Padtbrugge Manado'yu ziyaret etti. Minahasan şefleriyle bir anlaşma yaptı. Bu, Hollandalıların önümüzdeki 300 yıl boyunca egemen olmalarını sağladı. Ancak Hollandalıların doğrudan yönetimi ancak 1870 yılında başladı. Hollandalılar Minahasa konfederasyonunun birleşmesine yardımcı oldu. 1693 yılında Minahasalılar güneydeki Mongondow kabilesine karşı askeri bir zafer kazandılar. Hollanda etkisi arttı ve Minahasa'da Hıristiyanlık ve Avrupa kültürü gelişti. 1881'de Manado'daki misyoner okulları Endonezya'daki ilk kitlesel eğitim girişimlerinden biriydi. Bu okullardan mezun olanlar devlet memuru olarak, orduda ve Hollanda Doğu Hint Adaları hükümetinde iş bulabiliyordu. Minahasa'nın Hollandalılarla ilişkileri genellikle zayıftı. Hollandalılar ve Tondano arasında 1807 ve 1809 yıllarında bir savaş yaşandı. Minahasa bölgesi 1870 yılına kadar Hollanda'nın doğrudan yönetimi altında değildi. Ancak sonunda Hollandalılar ve Minahasa çok yakınlaştı. Bu yüzden Minahasa genellikle 12. Hollanda eyaleti olarak adlandırıldı. Hatta 1947'de Manado, Minahasa'nın Hollanda Krallığı'na resmi olarak entegre edilmesini isteyen Twaalfde Profincie'nin (On İkinci İl) kısaltması olan Twapro siyasi hareketini kurdu.
Bağımsızlık
Japonlar bölgeyi 1942'den 1945'e kadar işgal etti. bir mahrumiyet dönemiydi ve müttefik kuvvetler 1945'te Manado'yu büyük ölçüde bombaladı. Bundan sonraki bağımsızlık döneminde, Endonezya yanlısı ve Hollanda yanlısı Minahasa arasında bir bölünme yaşandı. Sam Ratulangi'nin ilk Doğu Endonezya valisi olarak atanması Minahasa'nın Endonezya Cumhuriyeti'ne destek vermesini sağladı. Endonezya'nın bağımsızlığından sonra Endonezya 8 eyalete bölünmüştür ve Sulawesi de bu eyaletlerden biridir. Sulawesi'nin ilk valisi ulusal bir kahraman olarak da bilinen S.G.J.Ratulangi'dir. Sulawesi'de 1948 yılında, daha sonra Endonezya Birleşik Devletleri içindeki eyaletlerden biri haline gelecek olan Doğu Endonezya Eyaleti kurulmuştur. Doğu Endonezya Eyaleti feshedildi ve Endonezya Cumhuriyeti ile birleştirildi. 1964 tarihli 13 sayılı Kanun uyarınca Kuzey Sulawesi Eyaleti kurulmuştur. 14 Ağustos 1959 vilayetin kuruluş yıldönümü olarak belirlendi.
Mart 1957'de Kuzey ve Güney Sulawesi askeri liderleri Java'dan daha fazla özgürlük talep ettiler. Daha aktif bir kalkınma, vergi parasının adil paylaşımı ve Kahar Muzakar'ın Güney Sulawesi'deki isyanına karşı yardım istediler. Hem Sukarno hem de Hatta tarafından eşit olarak yönetilen bir merkezi hükümet istiyorlardı. İlk başta 'Permesta' (Evrenin Mücadele Şartı) hareketi ayrılıkçı bir hareketten ziyade sadece bir reform hareketiydi.
Merkezi hükümet ve Sulawesi askeri liderleri arasındaki müzakereler Güney Sulawesi'deki şiddeti önledi, ancak Minahasan liderleri anlaşmanın sonucundan memnun kalmadı ve hareket patlak verdi. Güneyin hakimiyetinden korkan Minahasan liderleri Haziran 1957'de kendi Kuzey Sulawesi özerk devletlerini ilan ettiler. O dönemde merkezi hükümet Güney Sulawesi'yi kontrol ediyordu, ancak Kuzey'de merkezi hükümetin güçlü isimleri yoktu ve ABD'nin Kuzey Sumatra'daki isyanı silahlandırdığına dair söylentiler vardı, ayrıca Minahasan liderleriyle de bağlantıları vardı.
Dış müdahale ihtimali, merkezi hükümeti Güney Sulawesi'den askeri yardım talep etmeye sevk etti. Permesta kuvvetleri daha sonra Orta Sulawesi, Gorontalo, Sangir ve Maluku'daki Morotai'den çıkarıldı. Permesta uçakları (ABD tarafından tedarik edilen ve Filipinli, Tayvanlı ve Amerikalı Pilotlar tarafından uçurulan) imha edildi. ABD daha sonra yoluna devam etti ve Haziran 1958'de merkezi hükümet ordusu Minahasa'ya indi. Permesta ayaklanması 1961 yılının ortalarında sona erdi.
Sumatra ve Sulawesi isyanları başarısız oldu. Hatta merkez isyan tehdidine tepki gösterdiği için istemedikleri şeyin yaratılmasına yardımcı oldular. Merkezi hükümetin otoritesi artarken bölgesel özerklik zayıfladı. Radikal milliyetçilik güçlendi. Komünist parti ve Sukarno'nun gücü artarken Hatta zayıfladı. Sukarno nihayet 1958'de güdümlü demokrasiyi kurdu.
1998 reformlarından bu yana Endonezya hükümeti, Permesta'nın uğruna mücadele ettiği ana fikir olan bölgesel özerkliği geliştiren yasaları kabul etmeye başladı.