Nisan 1861'de Amerikan İç Savaşı patlak verdi. Carson Kızılderili ajanı olarak çalıştığı işinden ayrıldı ve Birlik Ordusu'na katıldı. Teğmen oldu. 1. New Mexico Gönüllü Piyade Birliği'ni yönetti. Yeni askerleri eğitti. Ekim 1861'de albay oldu. Gönüllüler Şubat 1862'de Valverde, New Mexico'da Konfederasyon kuvvetleriyle savaştı. Konfederasyonlar bu savaşı kazandılar ama daha sonra yenildiler.
Apaçilere karşı sefer
Konfederasyonlar New Mexico'dan sürüldükten sonra, Carson'ın komutanı Binbaşı James Henry Carleton dikkatini Amerikan yerlilerine çevirdi. Tarihçi Edwin Sabin, bu subayın "Apaçilere karşı psikopatik bir nefret" beslediğini yazmaktadır. Carleton kuvvetlerini Mescalero Apaçi bölgesinin derinliklerine götürdü. Mescalerolar savaşmaktan bıkmış ve kendilerini Carson'ın koruması altına sokmuşlardı. Carleton bu Apaçileri Pecos Nehri'nin doğusundaki uzak ve ıssız bir bölgeye yerleştirdi.
Carson Apaçileri sevmezdi. Bir raporunda Jicarilla Apaçilerinin "gerçekten de departmanımızdaki en aşağılık ve sorunlu Kızılderililer olduğunu" yazmıştı. [Her gün meydanımızda sarhoş olduklarına şahit oluyoruz." Carson, Carleton'ın planlarını gönülsüzce destekledi. Yorulmuştu. İki yıl önce ona büyük sıkıntı veren bir sakatlık geçirmişti. Şubat 1863'te ordudan istifa etti. Carleton istifayı kabul etmeyi reddetti çünkü Carson'ın Navajolara karşı bir harekâta liderlik etmesini istiyordu.
Navajolara karşı kampanya
Carleton rezervasyon için Pecos Nehri üzerinde kasvetli bir yer seçmişti. Bu bölgeye Bosque Redondo (Yuvarlak Koru) adı verildi. Apaçiler ve Navajolar için bu bölgeyi seçmesinin nedeni beyaz yerleşim yerlerinden uzak olmasıydı. Ayrıca bu Apaçi ve Navajoların, Bosque Redondo'nun doğusundaki Kiowalar ve Komançilerden beyaz yerleşimlere yönelik herhangi bir saldırgan eylem için bir tampon görevi görmesini istiyordu. Ayrıca, rezervasyonun uzaklığı ve ıssızlığının beyaz yerleşimi caydıracağını da düşünüyordu.
Mescalero Apaçileri rezervasyona kadar 130 mil yürüdüler. Mart 1863'e gelindiğinde dört yüz Apaçi Sumner Kalesi civarına yerleşmişti. Diğerleri kaçak Apaçi gruplarına katılmak için batıya kaçmıştı. Yaz ortasında bu insanların çoğu ekin ekiyor ve diğer çiftlik işlerini yapıyordu.
7 Temmuz'da Carson, Navajoların toplanmasına pek sıcak bakmayarak kabileye karşı bir kampanya başlattı. Aldığı emirler Apaçi toplama operasyonundakilerle hemen hemen aynıydı: Bütün erkekleri vuracak, kadınları ve çocukları esir alacaktı. Navajoların tamamı rezervasyona dahil edilene kadar barış anlaşması yapılmayacaktı.
Carson Navajo'yu her yerde aradı. Evlerini, tarlalarını, hayvanlarını ve meyve bahçelerini buldu ama Navajolar hızla ortadan kaybolma ve geniş topraklarında saklanma konusunda uzmandılar. Toplama Carson için büyük bir hayal kırıklığıydı. 50'li yaşlarındaydı, yorgun ve hastaydı. 1863 sonbaharında Carson Navajoların evlerini ve tarlalarını yakmaya ve hayvanlarını bölgeden uzaklaştırmaya başladı. Bu yıkım devam ederse Navaholar açlıktan ölecekti. Yüz seksen sekiz Navaho teslim oldu. Bosque Redondo'ya gönderildiler. Bosque'de hayat acımasızlaşmıştı. Cinayetler işlendi. Apaçiler ve Navajolar savaştı. Pecos'taki su, insanlara kramp ve mide ağrısı veren mineraller içeriyordu. Bölge sakinleri yakacak odun bulmak için on iki mil yürümek zorundaydı.
Canyon de Chelly
Carson kampanyaya bir kış arası vermek istedi. Binbaşı Carleton reddetti. Kit'e Canyon de Chelly'yi işgal etmesi emredildi. Birçok Navajo buraya sığınmıştı. Tarihçi David Roberts şöyle yazıyor: "Carson'ın 1863-1864 kışında Canyon de Chelly'ye doğru başlattığı harekat, seferin en belirleyici eylemi olacaktı."
Canyon de Chelly Navajolar için kutsal bir yerdi. Artık buranın en güçlü sığınakları olacağına inanıyorlardı. Üç yüz Navajo kanyon kenarında Kale Kayası denilen bir yere sığındı. Carson'ın işgaline ip merdivenler, köprüler inşa ederek, su kaplarını bir dereye indirerek ve gözden uzak durarak direndiler. Bu üç yüz Navajo istiladan kurtuldu. Ocak 1864'te Carson kuvvetleriyle birlikte 35 mil uzunluğundaki Kanyon'a girdi. Kanyon'daki binlerce şeftali ağacını kesti. Çok az Navajo öldürüldü ya da esir alındı. Ancak Carson'un işgali Navajolara beyaz adamın ülkelerini her an işgal edebileceğini kanıtladı. Birçok Navajo Canby Kalesi'nde teslim oldu.
Mart 1864'e gelindiğinde Canby Kalesi'nde 3.000 sığınmacı vardı. Kampa 5,000 kişi daha geldi. Yoğun soğuk ve açlık yüzünden acı çekiyorlardı. Carson onları beslemek ve giydirmek için erzak istedi. Binlerce Navajo Bosque Redondo'ya götürüldü. Birçoğu yolda öldü. Geride kalanlar vurularak öldürüldü. Navajo tarihinde bu korkunç yürüyüş Uzun Yürüyüş olarak bilinir. 1866 yılına gelindiğinde, raporlar Bosque Redondo'nun tamamen başarısız olduğunu gösteriyordu. Binbaşı Carleton kovuldu. Kongre soruşturma başlattı. 1868'de bir anlaşma imzalandı ve Navajoların anavatanlarına dönmelerine izin verildi. Bosque Redondo kapatıldı.
Kerpiç Duvarların İlk Savaşı
25 Kasım 1864'te Carson, Texas panhandle'daki Birinci Adobe Walls Savaşı'nda güneybatı kabilelerine karşı güçlerini yönetti. Adobe Walls, düşman Amerikan yerlileri tarafından ele geçirilmesini önlemek için sakinleri tarafından havaya uçurulan terk edilmiş bir ticaret merkeziydi. Birinci Muharebede savaşanlar Birleşik Devletler Ordusu ile Kiowalar, Komançiler ve Ova Apaçilerinden oluşan kitlelerdi. Büyük Ovalarda yapılan en büyük çarpışmalardan biriydi. Teksas Eyalet Kütüphane ve Arşiv Komisyonu şöyle yazmaktadır: "Adobe Walls'un sonucu Kızılderililer için ezici bir manevi yenilgiydi. Aynı zamanda ABD ordusunu Kızılderilileri kesin olarak ezmek için son adımlarını atmaya sevk etti. Bir yıl içinde, Teksas'ta beyazlar ve Kızılderililer arasındaki uzun savaş sonuca ulaşacaktı."
Savaş, General Carleton'ın Santa Fe Yolu boyunca beyaz yerleşimcilere yönelik devam eden saldırılardan Amerikan yerlilerinin sorumlu olduğuna inanmasının bir sonucuydu. Bu hırsızları ve katilleri cezalandırmak istedi ve bu iş için Carson'ı görevlendirdi. Amerikan İç Savaşı sırasında ordunun büyük bir kısmı başka yerlerde olduğu için yerleşimcilerin aradığı koruma neredeyse hiç yoktu. Yardım için yalvarıyorlardı. Carson 260 süvari, 75 piyade ve 72 Ute ve Jicarilla Apaçi Ordusu gözcüsüne liderlik etti. Ayrıca iki dağ obüs topu vardı.
Carson 25 Kasım sabahı 176 kulübeden oluşan bir Kiowa köyü keşfetti ve saldırdı. Yıkımdan sonra Adobe Walls'a doğru ilerledi. Carson bölgede başka Komançi köyleri de buldu ve çok büyük bir Amerikan yerlisi gücüyle karşılaşacağını anladı. Yüzbaşı Pettis'in tahminine göre 1.200 ila 1.400 Komançi ve Kiowa toplanmaya başlamıştı. Bu sayı muhtemelen 3.000'e ulaşacaktı. Dört ila beş saat süren bir savaş başladı. Carson'ın cephanesi ve obüs mermileri tükenince adamlarına yakındaki bir Kiowa köyüne çekilmelerini emretti. Orada köyü ve birçok güzel bufalo elbisesini yaktılar. Kızılderili izcileri dört yaşlı ve zayıf Kiowa'yı öldürüp parçaladı. Daha sonra New Mexico'ya doğru geri çekilme başladı. Carson'ın adamları arasında çok az ölü vardı. General Carleton, Carson'a şöyle yazdı: "Bu parlak olay, ülkenizin hizmetinde asilce kazandığınız defne çelengine bir yeşil yaprak daha ekledi." Bu savaş bazılarınca Carson'ın en iyi anı olarak kabul edilir ve Kiowalar ile Komançilerin 1865'te barış istemelerini sağlayan etkenlerden biri olduğu düşünülür.
"Şuradaki kalabalığa birkaç mermi atın."
Kit Carson'dan topçu subayı Teğmen Pettis'e
Savaşı inceleyenlerden bazıları Carson'ın birliklerine geri çekilmelerini emretmekte haklı olduğuna inanmaktadır. Carson'ın askerleri tarafından sadece bir Komançi kafa derisinin alındığı bildirilmiştir. Adobe Walls'daki Birinci Muharebe, Comanche ve Kiowa'nın Amerikan birliklerini savaştan geri çekilmeye zorladığı son muharebe olacaktı. Adobe Walls, ova kabilelerinin ve yaşam biçimlerinin sonunun başlangıcı oldu.
On yıl sonra, 27 Haziran 1874'te 250 ila 700 Komançi ile Adobe Walls'u savunan 28 avcıdan oluşan bir grup arasında İkinci Adobe Walls Savaşı yapıldı. Dört günlük bir kuşatmanın ardından yüzlerce Amerikan yerlisi geri çekildi. İkinci Savaş, Güney Ova Kızılderililerinin Oklahoma'daki rezervasyonlara nihai olarak taşınmasıyla sonuçlanan 1874-1875 Kızıl Nehir Savaşı'na yol açtı.