American Airlines'ın 11 sefer sayılı uçağı bir Boeing 767 idi. Her ne kadar 158 yolcu taşıyabilse de, 11 Eylül uçağı sadece 81 yolcu ve 11 mürettebat taşıyordu. Uçağı pilot John Ogonowski ve ikinci kaptan Thomas McGuinness kullanıyordu. Uçuş görevlileri Barbara Arestegui, Jeffrey Collman, Sara Low, Karen Martin, Kathleen Nicosia, Betty Ong, Jean Roger, Dianne Snyder ve Madeline Sweeney idi.
Yatılı
Terör örgütü El Kaide üyesi ve saldırıların lideri Muhammed Atta ve bir diğer hava korsanı Abdülaziz El Omari, 11 Eylül 2001 günü erken saatlerde Portland, Maine'den Boston'a birlikte uçtular. Her iki hava korsanının da Los Angeles, Kaliforniya uçuşu için birinci sınıf biletleri vardı. Diğer üç hava korsanı, Waleed al-Shehri, Wail al-Shehri ve Satam al-Suqami Logan Uluslararası Havaalanı'na arabayla geldiler. Beşi de 07:40'ta check-in işlemlerini yaptırmış ve 07:45'te kalkması gereken uçağa binmişlerdir.
Mohamed Atta business class'ta Abdulaziz al-Omari ve Suqami ile birlikte oturuyordu. Waleed al-Shehri ve Wail al-Shehri birinci sınıfta oturuyordu. Uçak 26 numaralı kapıdan taksi yaparak ayrıldı ve 14 dakikalık bir gecikmenin ardından 07:59'da Logan Uluslararası Havalimanı 4R pistinden hareket etti.
Korsanlık
Uçağın kaçırılma olayının saat 08:14'te başladığı düşünülmektedir. Bu, pilot ve ikinci kaptanın Boston'daki hava trafik kontrolüyle konuşmayı kestikleri zamandı. İki dakika sonra uçak olması gereken rotada uçmayı bıraktı. Uçaktan artık telsiz yanıtı gelmiyordu ve uçaktaki diğer uçaklara çarpmayı önlemek için kullanılan sistem de kapatılmıştı. Uçuş görevlileri Ong ve Sweeney kaçırılma sırasında AT&T telefonları ile American Airlines ile irtibat kurdular. Hava korsanlarının diğer iki uçuş görevlisini yaraladıklarını ve İsrailli bir yolcuyu öldürdüklerini söylediler. Dört dakikalık uzun görüşme sırasında Ong havayolu şirketine hava korsanlarının hangi koltuklarda oturduğunu söyledi ve kimsenin kokpite giremeyeceğini söyledi.
Saat 08:23:38'de Atta kokpitten yolcularla konuşmaya çalıştı ancak yanlış düğmeye bastı ve mesajı hava trafik kontrolüne gönderdi. "Bazı uçakları var, sadece sessiz olun ve iyi olacaksınız" dedi. Havaalanına geri dönüyoruz." Bir dakika sonra da "Kimse kıpırdamasın. Her şey yoluna girecek. Eğer hareket etmeye çalışırsanız, kendinizi ve uçağı tehlikeye atarsınız. Sadece sessiz olun." Hava trafik kontrolü uçağın kaçırıldığını fark etti ve Federal Havacılık İdaresi'ni aradı. Kısa bir süre sonra Atta, "Kimse kıpırdamasın lütfen, havaalanına geri dönüyoruz, aptalca hareketler yapmaya çalışmayın" diye anons etti. Beş dakika sonra Boston hava trafik kontrolü Kuzey Amerika Havacılık ve Uzay Savunma Komutanlığı'nı (NORAD) aradı. NORAD iki F-15 savaş uçağına uçağı yakalamalarını emretti, ancak artık çok geçti-AA 11 Manhattan'a doğru son dönüşünü yapmış ve savaş uçakları havalanmadan altı dakikadan fazla bir süre önce Dünya Ticaret Merkezi'nin Kuzey Kulesi'ne çarpmıştı.
Çarpışma
Saat 08:46:40'ta hava korsanları 11 sefer sayılı uçağı Dünya Ticaret Merkezi'nin Kuzey Kulesi'nin (Kule 1) kuzey tarafına çarptırdı. Saatte yaklaşık 466 mil (750 km/saat) hızla seyreden ve yaklaşık 10.000 ABD galonu yanıcı yakıt taşıyan uçak, Kuzey Kulesi'nin 93. ve 99. katları arasına çarptı. Toplamda uçakta bulunan 92 kişi hayatını kaybetmiştir.
Kuzey Kulesi çok hasar gördüğü için insanlar uçağın düştüğü yerden yukarıya kaçamadı. Binanın 92. katından itibaren tüm merdivenler ve asansörler kapatılmış ve 1.344 kişi mahsur kalmıştır. Yüzlerce kişi çarpmanın etkisiyle hemen öldü. Geri kalanlar ise ya yangın ve dumandan ya da kulenin çökmesinden dolayı mahsur kalarak ölmüştür. Bazıları binadan atladıktan sonra öldü. Birden fazla asansör boşluğu yanan yakıtı aşağıya taşımış ve aşağı inerken patlamıştır.
Fransız kameraman Jules Naudet kazayı filme aldı. Brooklyn'deki bir sanat sergisinde kurulan ve her dört saniyede bir Aşağı Manhattan'ın fotoğrafını çeken bir web kamerası da 11 sefer sayılı uçağın Kuzey Kulesi'ne çarpışını görüntülemiştir.
Haber kuruluşları ilk olarak Dünya Ticaret Merkezi'nde bir patlama olduğunu bildirdi. CNN 08:49'da reklam arasına girerek "Dünya Ticaret Merkezi Felaketi" manşetini attı. Başkan George W. Bush Sarasota, Florida'daki bir ilkokula vardığında kendisine kaza haberi verildi. Başkan, "Bu bir pilot hatası. Birinin bunu yapması inanılmaz. Adam kalp krizi geçirmiş olmalı." İlk haberlerde, 175 sefer sayılı uçak 09:03'te Güney Kulesi'ne çarpana kadar kazanın bir kaza olduğuna inanılıyordu.