Saldırının ardından ABD, terörist bir grup olduğunu düşündüğü El-Kaide'yi suçladı. Başkan George W. Bush "Teröre Karşı Savaş" başlatacağını söyledi. Bu, ABD'nin gelecekte terörizmi durdurmak için daha fazla şey yapacağı anlamına geliyordu. Bush bunun Amerikalıları ve mülklerini teröristlerden korumak anlamına geldiğini söyledi. Örneğin, Amerikan hükümeti yeniden organize edilecekti. Halka açık yerlerde, özellikle de havaalanlarında güvenlik ve kontrol daha güçlü hale getirildi. Amerikalılara her gün ciddi bir terörizm tehdidi olup olmadığı bildiriliyordu. (Bu, o gün için bir renk verilerek yapılıyordu. Kırmızı yüksek risk, yeşil düşük risk anlamına geliyordu ve arada birçok seviye vardı).
Teröre Karşı Savaş aynı zamanda gerçek savaşlara da yol açtı. El-Kaide lideri Usame bin Ladin Afganistan İslam Emirliği'nde yaşıyordu. Amerika Birleşik Devletleri, Taliban olarak adlandırılan Afganistan hükümetine Bin Ladin'i kendilerine teslim etmelerini söyledi. Taliban bunu yapmadı. Taliban lideri Molla Muhammed Ömer, Birleşik Devletler hükümetinden kanıt görmeyi talep etti. Eğer kanıt verilmezse, Molla Ömer Bin Ladin'i teslim etmeyeceğini söyledi. Başkan George W. Bush kanıt sunmasına gerek olmadığını söyledi. Bunun üzerine Amerika Birleşik Devletleri Afganistan'a savaş açtı. Taliban iktidardan uzaklaştırıldı, yeni bir hükümet iktidara getirildi ve Afganistan halkı tarafından yeni bir başkan seçildi.
Bunlar olurken, Birleşik Devletler hükümeti birkaç yönden değişti. Birleşik Devletler Ulaştırma Bakanlığı (DOT) Ulaştırma Güvenlik İdaresi'ni (TSA) kurdu. 11 Eylül'den önce Amerikan havaalanlarında güvenlik havayolları tarafından sağlanıyordu. TSA havaalanı güvenliğini sağlamayı hükümetin görevi haline getirdi. TSA tarafından havaalanlarında çalışmak ve uçaklarda hava polisi olarak uçmak üzere yeni memurlar işe alındı. TSA aynı zamanda Amerikan trenleri ve metrolarında da güvenliği sağlamaktadır. Yeni bir İç Güvenlik Bakanlığı da kuruldu. Amerikalıları ve Amerika Birleşik Devletleri içindeki mülklerini korumak onların görevi haline geldi. Bu departman oluşturulduğunda TSA, DOT'tan Homeland Security'ye taşındı.
Başkan George W. Bush, Taliban'ı yendikten sonra ABD'nin Irak'ı işgal etmesi gerektiğini düşündü. Irak'ın El Kaide de dahil olmak üzere terörist gruplara yardım ettiğine inanıyordu. Irak'ın aynı zamanda kitle imha silahları ürettiğine dair kanıtları olduğunu söyledi. Dışişleri Bakanı Colin Powell'ı bazı kanıtları göstermesi için Birleşmiş Milletler'e gönderdi. Mart 2003'te Amerika Birleşik Devletleri Irak'ı işgal etmeye başladı. (Aralarında Birleşik Krallık, Avustralya, Polonya ve Danimarka'nın da bulunduğu dört ülke daha işgale katıldı). Irak hükümeti devrildi ve Irak halkı yeni bir hükümet seçti. Irak'ta hiçbir kitle imha silahı bulunamadı.
2 Mayıs 2011'de Birleşik Devletler Deniz Kuvvetleri SEAL'leri, diğer terör girişimlerinin yanı sıra 11 Eylül 2001 saldırılarını da yöneten El Kaide lideri Usame bin Ladin'i öldürdü.