Çimlenme, bir spor veya tohum büyümeye başladığında gerçekleşir. Botanikte kullanılan bir terimdir. Bir spor veya tohum çimlendiğinde, bir sürgün veya fide veya (mantarlar söz konusu olduğunda) bir hif üretir. Sporların biyolojisi tohumlardan farklıdır.
Bir spor, koşullar uygun olduğunda ve uygun olduğunda filizlenir. Çok sınırlı bir ömrü vardır. Yosunlar, eğrelti otları ve mantarlar gibi daha alçak bitkiler olan spor taşıyıcıların yöntemi, sadece küçük bir yüzdesi çimlenen çok sayıda spor üretmektir.
Tohumlar bir embriyo, bir besin deposu (endosperm) ve koruyucu bir tabaka içerir. Tohumlu bitkiler arasında Gymnospermler (kozalaklı ağaçlar gibi) ve Angiospermler (çiçekli bitkiler gibi) bulunur. Tohumlar sporlardan çok daha uzun süre, bazen yüzlerce yıl hayatta kalabilir. Tohum taşıyan bitkilerin stratejisi, tohumların özüne enerji ve malzeme yatırımı yapmaktır ve sadece rüzgardan daha sofistike dağılma yöntemleri geliştirmişlerdir. p98
Tohumlar, gereksinimleri karşılanana kadar çimlenmez ve bu ihtiyaçlar türden türe farklılık gösterir.
1. Uyku dönemi bitmiş olmalı. Dormansi, tohumun içindeki değişiklikler tarafından yönetilir. Her türün kendi uyku dönemi vardır ve bu dönem sona erene kadar çimlenmez.
2. Kış uykusu bitmiş olmalı. Çevredeki olaylar çimlenmeyi tetiklediğinde kış uykusu sona erer. Bu bazen sadece sıcaklık ve sudur, bazen ateştir, bazen de tohumun uzun bir soğuk dönemden geçmesi gerekir.
Meyveler için gereklilikler tohumlar için olanlarla aynıdır. Bir meyve, çiçeğin parçalarından elde edilen bir veya daha fazla ekstra katmana sahip bir tohumdur.
