Bir yeniden düzenleme reaksiyonu, bir molekülün karbon iskeletinin yeniden düzenlendiği organik reaksiyonlardır. Sonuç, orijinal molekülün yapısal bir izomeridir. Genellikle bir sübstitüent aynı molekülde bir atomdan başka bir atoma geçer. Aşağıdaki örnekte, R sübstitüenti karbon atomu 1'den karbon atomu 2'ye geçmektedir:

General scheme rearrangement

Moleküller arası yeniden düzenlemeler de gerçekleşir.

Isochorismate Pyruvate Lyase converts Isochorismate into salicylate and Pyruvate

Bazen kimyagerler, bir yeniden düzenleme reaksiyonu sırasında elektronların bağlar arasında nasıl aktarıldığını gösteren oklu diyagramlar çizerler. Birçok organik kimya ders kitabında bu tür diyagramlar vardır. Ancak bunlar reaksiyon mekanizmasının tüm hikayesini anlatmaz. Bir alkil grubunun hareket ettiği bir yeniden düzenlemenin gerçek mekanizması, iyonik bağ kırma ve oluşturma değil, grubun bir bağ boyunca düzgün bir şekilde kaymasıdır. Bunun bir örneği Wagner-Meerwein yeniden düzenlenmesidir:

Isoborneol Camphene Conversion

Perisiklik reaksiyonlarda orbital etkileşimler önemlidir. Reaksiyonlar bir dizi basit ayrık elektron transferi ile açıklanamaz. Ancak, bir dizi ayrık elektron transferini gösteren eğri oklar, bir yeniden düzenleme reaksiyonu ile aynı sonucu verebilir. Yine de, diyagramlar gerçekçi olmak zorunda değildir. Alilik yeniden düzenlenmesinde reaksiyon iyoniktir.

Üç önemli yeniden düzenleme reaksiyonu 1,2-yeniden düzenlemeleri, perisiklik reaksiyonlar ve olefin metatezidir.