Jena Friedrich Schiller Üniversitesi (Almanca: Friedrich-Schiller-Universität Jena; kısaltma: FSU) Almanya'nın Jena kentinde bulunan bir üniversitedir. Üniversite 1558 yılında kurulmuştur. 2009 yılında 21.000'den fazla öğrencisi vardı.

Jena Üniversitesi'nde on fakülte bulunmaktadır:

1934 yılında Jena Üniversitesi'ne Friedrich Schiller'in adı verilmiştir. Çok ünlü bir Alman şairi olan Schiller, 1789 yılından beri Jena'da profesörlük yapıyordu.

Jena Üniversitesi, birçok önemli Avrupa üniversitesinden oluşan Coimbra Grubu'nun bir üyesidir.