Kolombiya coğrafyasında altı ana doğal bölge bulunmaktadır. Her birinin kendine özgü özellikleri vardır. And Dağları bölgesi Ekvador ve Venezuela ile sınırları paylaşır. Pasifik Kıyısı bölgesi Panama ve Ekvador ile sınır paylaşır. Karayip kıyı bölgesi Venezuela ve Panama ile sınır paylaşmaktadır. Llanos (ovalar) Venezuela ile sınır paylaşmaktadır. Amazon Yağmur Ormanları bölgesi Venezuela, Brezilya, Peru ve Ekvador ile sınır paylaşmaktadır. Insular bölge ülkenin tüm adalarını kapsamaktadır.
Kolombiya'nın başlıca nehirleri Magdalena, Cauca, Guaviare, Atrato, Meta, Putumayo ve Caquetá'dır. Kolombiya dört ana drenaj sistemine sahiptir: Pasifik drenajı, Karayip drenajı, Orinoco Havzası ve Amazon Havzası3253.
Nüfusun çoğu And Dağları bölgesinde yaşamaktadır. Ancak ovalar toprakların yarısından fazlasını oluşturur. İnsanların sadece %6'sı ovalarda yaşıyor. Sierra Nevada de Santa Marta dağ silsilesi ülkenin en yüksek zirvelerini (Pico Cristóbal Colón ve Pico Simón Bolívar) içerir.
İklim
Kolombiya'nın sıcaklığı rakımla birlikte değişir ve sıcaklık bölgelere göre farklılık gösterir. And Dağları'nın etrafındaki bölgeler, daha alçak olan sahilden daha soğuktur.
Kolombiya'nın rakımı yüksek olduğu için birçok farklı meyve, sebze ve hayvan türü bulunmaktadır. Birçok vadi, plaj, ova, dağ ve Amazon yağmur ormanları gibi ormanlara sahiptir.
Kolombiya'daki bazı dağların zirvesi o kadar soğuktur ki insanlar ekvator üzerinde kayak yapabilirler. Alçak dağlar daha sıcak iklimlere sahiptir. Deniz kıyıları okyanus esintileriyle serinlemektedir. Ekvatora yakın deniz seviyesinde hava sıcaktır.
Nehirler karadaki su yolları olarak nakliye için önemlidir. Kolombiya'daki en önemli nehirlerden biri Magdalena-Cauca'dır. Magdelena Nehri doğu ve orta dağları birbirinden ayırır. Verimli bir vadi oluşturur. Cauca Nehri ise orta dağ silsilesi ile batı sırtını bölerek bir başka büyük vadi oluşturur. Cauca aslında Magdalena'nın bir parçasıdır. Ancak bu iki nehir Magdalena'nın Karayip Denizi'ne dökülmesinden birkaç mil öncesine kadar birleşmez.
Biyoçeşitlilik
Kolombiya mega çeşitliliğe sahip bir ülkedir. Bu, ülkenin Dünya'daki türlerin çoğuna ev sahipliği yaptığı anlamına gelir. Ayrıca çok sayıda endemik tür de bulunmaktadır.
Kolombiya'da 1.900 kuş türü bulunmaktadır ve bu sayı diğer tüm ülkelerden daha fazladır. Yaklaşık 2.000 deniz balığı türü bulunmaktadır. Tatlı su balıklarında en çeşitli ikinci ülkedir. Bitkilere gelince, ülkede 40.000 ila 45.000 arasında tür bulunmaktadır. Kolombiya amfibi türlerinin sayısında ikinci, sürüngenlerde ise en çeşitli üçüncü ülkedir. Yaklaşık 2.900 yumuşakça türü ve yaklaşık 300.000 omurgasız türü bulunmaktadır.