Florida, 3.500 yerli damarlı bitki ve 1.500 omurgalı hayvanla biyolojik çeşitliliğe sahip bir eyalettir ve bu sayı diğer üç eyalet hariç hepsinden daha fazladır. 2003 yılında Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü tarafından yapılan bir araştırmada Florida Boğazının Atlantik Okyanusundaki en yüksek biyolojik çeşitliliğe sahip olduğu ve 25 endemik türe ev sahipliği yaptığı belirtilmiştir.
Flora
Kırmızı gelgit Florida'nın güneybatı kıyısında da bir sorun olmuştur. Zehirli alg patlamasının nedeni konusunda çok fazla tahmin yürütülmekle birlikte, kirlilikten kaynaklandığına ya da kırmızı gelgit salgınlarının uzunluğunda veya sıklığında bir artış olduğuna dair herhangi bir kanıt bulunmamaktadır.
Çiçek zararlıları
Yerel bitki örtüsü, Brezilya Biberi (Schinus terebinthifolius) de dahil olmak üzere çeşitli istilacı bitkiler tarafından tehdit edilmektedir. Bu ağaca sahip olmak ve yetiştirmek yasa dışıdır. Çok sayıda gönüllü, özellikle su yolları boyunca bu istilacıları kesmektedir. Avustralya çamı (Casuarina spp.) aktif olarak saldırıya uğramaktadır.
Diğer yabancı zararlılar arasında yerel avokado endüstrisini ve kızılcık ağaçlarını (Persea borbonia) tehdit eden Asya ambrosia böceği (Xyleborus glabratus) bulunmaktadır.
Dev Afrika kara salyangozlarının (achatina fulica) ithalatı yasa dışıdır. Bunlar binaları, 500 çeşit yerel bitkiyi tehdit etmekte ve menenjit taşımaktadır.
Fauna
Florida'daki endemik türler arasında Florida Scrub Jay (Aphelocoma coerulescens), Miami mavisi (Cyclargus thomasi bethunebakeri), Okaloosa darter (Etheostoma okaloosae) ve Key Deer (Odocoileus virginianus clavium) bulunmaktadır.
Florida, yılın çeşitli zamanlarında eyalette bulunabilen çok sayıda tür nedeniyle kuş gözlemciliği için popüler bir yerdir. Florida Ornitoloji Derneği, şu anda 498 tür içeren Florida kuşlarının resmi eyalet listesini tutmaktadır. Florida Balık ve Yaban Hayatı Koruma Komisyonu tarafından 2003 yılında yayınlanan bir çalışmada, eyalette ürediği teyit edilen 196 kuş türü belgelenmiş, ayrıca 19 tür de olası veya muhtemel üreyenler olarak listelenmiştir. Büyük Florida Kuşçuluk Yolu, 2,000 mil uzunluğunda (3,200 km) bir parkur olup, eyalet genelinde mükemmel gözlem alanları olan 489 noktadan oluşmaktadır.
Florida'da spor balıkçılığı da popülerdir; Florida'da 250'den fazla farklı balık türü (73 yerli olmayan tür dahil) bulunabilir. Florida'nın kıyıya yakın sularında 1.000'den fazla balık türü bulunmaktadır.
2010 yılında NOAA, Magnuson-Stevens Yasası'nı gerekçe göstererek, popülasyon toparlanana kadar kırmızı balığın avlanmasını yasakladı.
Florida'nın Atlantik kıyısı, Amerika Birleşik Devletleri kıtasındaki tek geniş mercan resiflerine ve dünyanın üçüncü büyük mercan resiflerine ev sahipliği yapmaktadır. Florida Keys'teki tüm resif sistemi Florida Keys Ulusal Deniz Koruma Alanı'nın bir parçasıdır ve resifin büyük bir kısmı Biscayne Ulusal Parkı'nın bir parçası olarak korunmaktadır.
1977 yılında federal hükümet timsahları nesli tükenmekte olan türler listesine almıştır. 1987'de tehlike altındaki türler listesinden çıkarıldılar ve Florida 1988'de seçici avlanmaya izin verdi.
Kuş ve kaplumbağa habitatları
1987 yılında Florida'nın Brevard İlçesi, artık nesli tükenmiş olan Dusky Seaside Sparrow'un son üyesine ev sahipliği yapmıştır. Tehlike altındaki türlerin listelenmeye başlandığı 1973 yılından bu yana sadece iki kuş türünün nesli tükenmiştir. Bu olay, diğer çevresel kaygıların hızla ele alınmasını sağlamak için bir zorluk teşkil etmiştir.
Florida Scrub Jay'in uzun yıllardır tehdit altında olduğu düşünülmektedir, çünkü tür bölgeseldir ve yaşam alanı tehlikede olduğunda daha iyi alanlara taşınamaz.
Caretta caretta deniz kaplumbağalarının yuvalama kumsalları korunmaktadır.
