Erken tarih (1502-1658)
Ada 1502 yılında Portekizli amiral João da Nova tarafından keşfedilmiş ve Konstantinopolisli Helena'ya atfen "Santa Helena" adını almıştır. Bu keşfin geleneksel tarihinin uzun süre 21 Mayıs olduğu düşünülmüştür, ancak 2015 yılında yayınlanan keşifle ilgili bir araştırmanın sonuçları bu tarihin muhtemelen yanlış olduğu, 3 Mayıs'ın tarihsel olarak daha geçerli olduğu sonucuna varmıştır. Bir başka teoriye göre De Nova tarafından bulunan ada aslında 2,430 kilometre (1,510 mil) güneydeki Tristan da Cunha'dır ve Saint Helena 30 Temmuz 1503 tarihinde Estêvão da Gama komutasındaki bazı gemiler tarafından keşfedilmiştir.
Portekizliler, bol miktarda ağaç ve tatlı su bulunan adayı ıssız buldular. Çiftlik hayvanları, meyve ağaçları ve sebzeler ithal ettiler ve bir şapel ile bir ya da iki ev inşa ettiler. Kalıcı bir yerleşim yeri oluşturmamış olsalar da ada, Asya'dan Avrupa'ya seyahat eden gemiler için yiyecek ve su almak için durulan önemli bir yerdi ve sık sık hasta denizciler iyileşmeleri için adada bırakılıyordu. 1588'den sonra ada Hollanda ve İngiliz gemileri tarafından da ziyaret edilmiştir.
Hollanda Cumhuriyeti 1633 yılında resmen St Helena üzerinde hak iddia etmiş olsa da, burayı işgal ettiklerine, kolonileştirdiklerine veya tahkim ettiklerine dair hiçbir kanıt yoktur. 1651 yılına gelindiğinde Hollandalılar Ümit Burnu'ndaki kolonileri lehine adayı büyük ölçüde terk etmişlerdi.
Doğu Hindistan Şirketi (1658-1815)
1657 yılında İngiliz Doğu Hindistan Şirketi'ne Oliver Cromwell tarafından St Helena'yı yönetme izni verildi ve ertesi yıl Şirket adayı çiftçilerle kolonileştirmeye karar verdi. İlk vali Kaptan John Dutton 1659 yılında adaya ulaştı ve St Helena'yı İngiltere'nin Kuzey Amerika ve Karayipler dışındaki en eski kolonilerinden biri haline getirdi. Bir kale tamamlandı ve bir dizi ev inşa edildi. 1660'ta İngiliz monarşisinin restorasyonundan sonra Doğu Hindistan Şirketi adada bir koloni kurmak için Kraliyet izni aldı. Kaleye James Fort ve kasabaya da York Dükü, daha sonra İngiltere Kralı II James'in onuruna Jamestown adı verildi.
Köle ithalatı 1792 yılında yasadışı hale getirilmiş ve çiftliklerde çalıştırılmak üzere Çinli işçiler getirilmiştir. Birçoğunun kalmasına izin verildi ve onların soyundan gelenler nüfusa entegre oldu.
İngiliz yönetimi (1815-1821) ve Napolyon'un sürgünü
1815 yılında İngiliz hükümeti, Napolyon Bonapart'ın gözaltında tutulacağı yer olarak Aziz Helena adasını kullanmaya karar verdi. Yakındaki adalardan kaçma girişimlerini önlemek için Ascension ve Tristan da Cunha adalarını resmen ilhak etti. Napolyon 1821 yılında St Helena adasında öldü.
1858 yılında Fransız İmparatoru Napolyon III, Fransız hükümeti adına, Napolyon I'in (1821'de burada ölmüştür) son ikametgahı olan Longwood House ve çevresindeki arazilerin mülkiyetini almıştır. Halen Fransız mülkiyetindedir.
Kraliyet kolonisi (1834-1981)
22 Nisan 1834'te St Helena adası İngiliz kraliyetinin bir kolonisi haline geldi.
Yeni Zelanda keteninden elde edilen elyafı kullanan yerel bir endüstri 1907 yılında başarılı bir şekilde yeniden kurulmuş ve Birinci Dünya Savaşı sırasında önemli bir gelir sağlamıştır. Ancak, nakliye maliyetleri ve sentetik elyafların rekabeti nedeniyle endüstri gerilemiş ve son keten endüstrisi 1965 yılında kapanmıştır.
1922'de Ascension, 12 Ocak 1938'de Tristan da Cunha Adası'nın ardından bir bağımlılık olarak bağlanmıştır.
1981'den günümüze
1981 yılında İngiliz hükümeti Saint Helena ve diğer Kraliyet kolonilerinin statüsünü "İngiliz Bağımlı Bölgeleri" olarak değiştirmiştir.
2009 yılında Saint Helena ve iki bölgesi yeni bir anayasa kapsamında eşit statüye sahip oldu ve Britanya Denizaşırı Toprakları'nın adı Saint Helena, Ascension ve Tristan da Cunha olarak değiştirildi.