Mikrop hastalığı teorisi biyolojide bir teoridir. Mikrop olarak da bilinen küçük organizmaların (mikrop olarak adlandırılır) hastalıklara neden olduğunu söyler. Tüm hastalıklar olmasa da çoğu bulaşıcı hastalıklardır. Mikrop teorisi, küçük organizmaların enfekte olan kişilerin vücudunda bir reaksiyona neden olduğunu belirtir. Vücudun enfeksiyona verdiği tepkiye hastalık denir.

Tarihte birçok bilim insanı ve doktor, hastalıkların mikroskobik organizmalardan kaynaklandığını keşfetmiştir. Mikroskop icat edildikten sonra bile insanlar mikropların hastalıklara neden olduğunu bilmiyorlardı. İnsanlar uzun süre kokuşmuş çöplüklerden ve çürüyen etlerden gelen "kötü havanın" hastalıklara neden olduğuna inandılar. Bu yüzden insanlar ağızlarını ve burunlarını bir bezle kapatmanın "kötü havayı" filtrelemeye yardımcı olacağını düşündüler. Bilim adamları ve doktorlar kötü havayı uzaklaştırmak için sarımsak ve parfüm kullanırlardı. Ancak insanlar hala hastalanıyor ve hatta ölüyordu, yani bu teori yanlıştı. Hastalıkların nedeni kirli hava değildir.

Eski hastalık teorileriyle ilgili bir sorun, insanların canlıların kendiliğinden oluştuğuna inanmalarıydı. Kendiliğinden oluşma, sinek gibi bir şeyin küçük bir kokulu et zerresinden büyümesidir. Bu eski teoriye abiyogenez denir. On yedinci yüzyılda Francesco Redi (18 Şubat 1626 - 1 Mart 1697) sineklerin yumurtlayarak kurtçuklara dönüştüğünü keşfetti. Bundan önce insanlar kurtçukların çürüyen etten geldiğini düşünüyordu. Bunu bir kavanoza biraz et koyup izleyerek keşfetti. Mühürlenmiş ette hiç kurtçuk bulunmadı. Ayrıca bir kavanoza biraz et koydu ve üzerini gazlı bezle örttü. Kurtçuklar gazlı bezin üzerinde bulundu ama kavanozun içinde yoktu. Ancak eti açık bir kavanoza koyduğunda, etin üzerinde ve kavanozun içinde kurtçuklar bulundu. Bu gibi deneyler kurtçukların çürüyen etten değil, yumurta bırakan sineklerden geldiğini kanıtladı. Daha sonra bilim adamları hastalıkların havadan gelmediğini kanıtlayacaklardı. Hastalıklar enfeksiyon yoluyla yayılır.