Hint ve Avrupa dilleri arasındaki benzerlikler 16. yüzyılda Hindistan'a gelen Avrupalı ziyaretçiler tarafından dile getirilmeye başlanmıştır. Hindistan'ın Goa kentindeki İngiliz Cizvit misyoneri Thomas Stephens S.J. 1583 yılında Hint dilleri ile Yunanca ve Latince arasındaki benzerlikleri fark etmiş ve bunları kardeşine yazdığı bir mektuba dahil etmiştir, ancak bu mektup 20. yüzyıla kadar yayınlanmamıştır.
Sanskritçe'den bahseden ilk kayıt Filippo Sassetti'ye aittir. İtalya'nın Floransa kentinde 1540 yılında doğan Sassetti, Sanskritçe öğrenen ilk Avrupalılar arasında yer alan bir tüccardı. Sanskritçe ve İtalyanca arasında devaḥ/dio "Tanrı", sarpaḥ/serpe "yılan", sapta/sette "yedi", aṣṭa/otto "sekiz", nava/nove "dokuz" gibi bazı kelime benzerlikleri olduğunu 1585 yılında yazmıştır). Ancak, her iki gözlem de daha fazla bilimsel araştırmaya yol açmamıştır.
1647 yılında Hollandalı dilbilimci ve akademisyen Marcus Zuerius van Boxhorn, Hint-Avrupa dilleri arasındaki benzerliğe dikkat çekmiş ve bunların ilkel ortak bir dilden türediğini varsaymıştır. Hipotezine Hollandaca, Yunanca, Latince, Farsça ve Almanca'yı dahil etmiş ve daha sonra Slav, Kelt ve Baltık dillerini de eklemiştir. Ancak, önerileri yaygın olarak bilinmedi ve daha fazla araştırmayı teşvik etmedi.
Gaston Coeurdoux ve diğerleri de benzer gözlemlerde bulunmuşlardı. Coeurdoux 1760'ların sonlarında Sanskritçe, Latince ve Yunanca çekimlerin kapsamlı bir karşılaştırmasını yaparak diller arasında bir ilişki olduğunu öne sürmüştür. Benzer şekilde Mikhail Lomonosov da Slav, Baltık, İran, Fin, Çin, Hottentot ve diğerleri de dahil olmak üzere dünyanın farklı dil gruplarını karşılaştırmıştır.
Bu hipotez, Coeurdoux'dan 20 yıl sonra, 1786'da Sir William Jones'un kendi zamanında bilinen en eski üç dil arasındaki çarpıcı benzerlikler üzerine verdiği ilk konferansla yeniden ortaya çıktı: Latince, Yunanca ve Sanskritçe. Daha sonra geçici olarak Gotik, Keltçe ve Eski Farsçayı da eklemiş ancak sınıflandırmasında bazı hatalar ve eksiklikler yapmıştır.
Hint-Avrupa terimini ilk kez 1813 yılında Thomas Young kullanmıştır. Bu terim, Franz Bopp'un Karşılaştırmalı Dilbilgisi kitabı aracılığıyla Almanya dışında standart bilimsel terim haline gelmiştir. 1833 ve 1852 yılları arasında ortaya çıkan bu eser, akademik bir disiplin olarak Hint-Avrupa çalışmalarının başlangıç noktası olmuştur.
Bazı 20. yüzyıl akademisyenleri Hint-Avrupa dillerinin Ermenistan veya Hindistan'da başladığını düşünse de, çoğu Doğu Avrupa veya Anadolu'da olduğunu düşünüyor. Son zamanlarda yapılan yeni çalışmalar, Kuzey İran ve Ermenistan'da bir kökeni desteklemektedir.
