Doğal popülasyonlarda doğal seçilime ilişkin çok sayıda örnek bulunmaktadır.
Antibiyotik direnci
Doğal seçilimin iyi bilinen bir örneği, mikroorganizmalarda antibiyotik direncinin gelişmesidir. Penisilinin 1928 yılında Alexander Fleming tarafından keşfedilmesinden bu yana antibiyotikler bakteriyel hastalıklarla mücadele etmek için kullanılmaktadır. Doğal bakteri popülasyonları, çok sayıdaki bireysel üyeleri arasında, mutasyonların sonucu olarak genetik materyallerinde önemli farklılıklar içerir. Antibiyotiklere maruz kaldıklarında çoğu bakteri hızla ölür, ancak bazıları kendilerini biraz daha az duyarlı hale getiren mutasyonlara sahiptir. Antibiyotiklere maruz kalma süresi kısaysa, bu bireyler tedaviden sağ çıkacaktır. Direnci olmayan bireylerin elenmesi doğal seçilime bir örnektir.
Yeterli zaman verildiğinde ve antibiyotiğe tekrar tekrar maruz kalındığında, antibiyotiğe dirençli bir bakteri popülasyonu ortaya çıkacaktır. Bu durum, evrimsel silahlanma yarışı ya da birlikte evrim olarak bilinen, bakterilerin antibiyotiklere karşı daha az duyarlı türler geliştirmeye devam ettiği, tıp araştırmacılarının ise onları öldürebilecek yeni antibiyotikler geliştirmeye devam ettiği bir sürece yol açar. Müdahale stratejileri tipik olarak farklı, daha güçlü antibiyotiklerin kullanımını içerir; ancak son zamanlarda bu ilaçlara bile dirençli yeni MRSA türleri ortaya çıkmıştır. Benzer bir durum bitkiler ve böceklerdeki pestisit direnci ve kinin'e karşı sıtma direnci için de geçerlidir.
Kamuflaj
Ünlü bir vaka çalışması biberli güve evrimi çalışmasıdır ve başka birçok örnek vardır. Gündüz uçan bu güvelerin çoğu açık renklidir, ancak sadece birkaçı koyu renklidir. İlk başta, açık renkli güveler daha iyi hayatta kalmıştır çünkü yakındaki ağaçların açık rengine karşı kamufle olmuşlardır. Bu da kuşların onları görmesini zorlaştırıyordu.
Fabrikalar inşa edildiğinde, kirlilik tüm ağaçların siyah görünmesine neden oldu. Artık açık renkli güveler koyu renkli ağaç kabuğunda açıkça görülüyordu. Çevre değiştikten sonra koyu renkli güveler avantajlı duruma geçti. Koyu rengi kontrol eden genler güve popülasyonu boyunca yayıldı. İkinci dünya savaşından sonra, kirliliğe karşı kontroller çevreyi daha temiz hale getirmek için çalıştı. Daha sonra açık renkli güveler bir kez daha avantaja sahip oldular ve şimdi çok daha yaygınlar.
Taklitçilik de bir başka örnektir: Bazı zararsız böcekler, tehlikeli olan ya da tadı kötü olan diğer böcekleri taklit eder. Taklitçilik evrimleşir çünkü daha iyi taklitçiler daha iyi hayatta kalır. Daha az iyi taklitçilerden daha fazla yavru üretmek için yaşarlar. Daha iyi taklitçilerin genleri tür içinde daha yaygın hale gelir. Zamanla taklitçi türler modellerine yaklaşır.