Azot döngüsü, doğadaki azotun canlı organizmalar tarafından kullanılan birçok farklı forma dönüşme şeklidir.

Havanın yaklaşık %78'i nitrojendir. Yaşam için azot kimyasallarına ihtiyaç vardır. Azot proteinlerin, DNA'nın ve RNA'nın gerekli bir parçasıdır. Bitkilerde fotosentez ve büyüme için azota ihtiyaç vardır. Ancak canlılar havadaki elementel azotu bu işler için kullanamazlar. Havadaki azotu (N2 ) yaşam tarafından kullanılabilecek formlara dönüştürmek için azot fiksasyonuna ihtiyaç vardır. Azot fiksasyonunun çoğu bakteri adı verilen mikroorganizmalar tarafından yapılır. Bu bakteriler N ile 2hidrojen gazını (H2 ) birleştirerek amonyak (NH3 ) oluşturan bir enzime sahiptir.

Bu bakterilerin bazıları bitkilerin (çoğunlukla baklagiller) köklerinde yaşar. Bu köklerde bitki için amonyak üretirler ve bitki de onlara karbonhidrat verir. Diğer bitkiler azot bileşiklerini kökleri aracılığıyla topraktan alırlar. Hayvanlardaki tüm azot bitkileri yemekten gelir.

Topraktaki amonyum (NH4 ), azot bağlayıcı bakteriler ve ayrıştırıcılar, ölü yaşamı parçalarına ayıran bakteri ve mantarlar tarafından yapılır. Bu sürece amonifikasyon denir. Amonyum pozitif bir yüke sahiptir. Topraktaki kil ve humusa kolayca bağlanır. Amonyak ve amonyum balıklar ve diğer hayvanlar için zehirlidir. Kanalizasyon ve diğer atık sular bu nedenle düzenli olarak ölçülür. Amonyak seviyeleri çok yüksekse, nitrifikasyon gerçekleşmelidir.

Nitrifikasyon, amonyak ve amonyumun bakteriler tarafından nitrite (NO2 ) ve ardından nitrata ( NO ) 3oksidasyonudur. Nitrit ve nitrat negatif yüke sahip olduklarından toprağa kolayca karışmazlar ve yağmur ve sulama sırasında topraktan yıkanırlar. İçme suyundaki yüksek nitrat seviyeleri bebekler için zararlıdır ve mavi bebek sendromuna neden olabilir. Yüksek nitrat seviyeleri ayrıca göllerde ve havuzlarda çok fazla yosun büyümesine neden olabilir. Bu ötrofikasyon balıklar ve diğer su hayvanları için zararlı olabilir. Bu nedenle gübre kullanımı kontrol edilmektedir.

Oksijenin olmadığı yerlerde, bazı bakteriler enerji elde etmek için nitratı azot gazına (N2 ) dönüştürür. Bu da nitrojen döngüsünü yeniden başlatır. Bu sürece denitrifikasyon denir.