J. J. Thomson tarafından elektronun keşfi, atomun bir iç yapısı olduğuna dair ilk işaretti. 20. yüzyılın başında kabul gören atom modeli, J. J. Thomson'ın atomun içinde negatif yüklü küçük elektronlar bulunan pozitif yüklü büyük bir top olduğu "erik pudingi" modeliydi. Yüzyılın başında fizikçiler ayrıca atomlardan gelen ve alfa, beta ve gama radyasyonu olarak adlandırdıkları üç tür radyasyon keşfetmişlerdi. Lise Meitner ve Otto Hahn tarafından 1911'de ve James Chadwick tarafından 1914'te yapılan deneyler, beta bozunma spektrumunun ayrık değil sürekli olduğunu keşfetti. Yani elektronlar atomdan, gama ve alfa bozunumlarında gözlemlenen ayrık enerji miktarları yerine, bir dizi enerjiyle fırlatılıyordu. Bu o zamanlar nükleer fizik için bir sorundu, çünkü bu bozunumlarda enerjinin korunmadığını gösteriyordu. Bu sorun daha sonra nötrinonun keşfine yol açacaktı (aşağıya bakınız).
1906 yılında Ernest Rutherford "Radyumdan α Parçacığının Madde İçinden Geçerken Yaydığı Işıma "yı yayınladı. Geiger, Rutherford ile birlikte α parçacıklarını hava, alüminyum folyo ve altın folyodan geçirerek yaptıkları deneylerle Royal Society'ye gönderdiği bir yazıda bu çalışmayı genişletti. Geiger ve Marsden tarafından 1909'da daha fazla çalışma yayınlandı ve Geiger tarafından 1910'da daha da genişletilmiş çalışma yayınlandı. 1911-2'de Rutherford, deneyleri açıklamak ve şimdi anladığımız şekliyle atom çekirdeğinin yeni teorisini öne sürmek için Royal Society'nin önüne çıktı.
Bu olayların yaşandığı sıralarda (1909) Ernest Rutherford, Hans Geiger ve Ernest Marsden'in kendi gözetiminde ince bir altın folyo tabakasına alfa parçacıkları (helyum çekirdekleri) attığı olağanüstü bir deney gerçekleştirdi. Erik pudingi modeli, alfa parçacıklarının folyodan yörüngeleri en fazla hafifçe bükülmüş olarak çıkması gerektiğini öngörüyordu. Birkaç parçacığın büyük açılarla, hatta bazı durumlarda tamamen geriye doğru saçıldığını keşfettiğinde şok oldu. Rutherford'un 1911'de verileri analiz etmesiyle başlayan keşif, sonunda atomun, yükü dengelemek için elektronların gömülü olduğu ağır pozitif yüklü parçacıklardan oluşan çok küçük, çok yoğun bir çekirdeğe sahip olduğu Rutherford atom modeline yol açtı. Örnek olarak, bu modelde nitrojen-14 14 protonlu ve 7 elektronlu bir çekirdekten oluşuyordu ve çekirdek yörüngede dönen 7 elektronla daha çevrelenmişti.
Rutherford modeli, 1929 yılında Kaliforniya Teknoloji Enstitüsü'nde Franco Rasetti tarafından nükleer spin üzerine çalışmalar yapılana kadar oldukça iyi çalışmıştır. 1925 yılına gelindiğinde proton ve elektronların 1/2 spine sahip olduğu biliniyordu ve Rutherford azot-14 modelinde 14 proton ve altı elektron birbirlerinin spinini iptal edecek şekilde eşleşmeli ve son elektron çekirdeği 1/2 spinle terk etmeliydi. Ancak Rasetti, nitrojen-14'ün bir spine sahip olduğunu keşfetti.
1930 yılında Wolfgang Pauli Tübingen'deki bir toplantıya katılamadı ve bunun yerine klasik "Sevgili Radyoaktif Bayanlar ve Baylar" girişiyle ünlü bir mektup gönderdi. Pauli mektubunda çekirdekte belki de "nötron" adını verdiği üçüncü bir parçacık olduğunu öne sürdü. Bunun çok hafif olduğunu (elektrondan daha hafif), yüksüz olduğunu ve maddeyle kolayca etkileşime girmediğini (bu yüzden henüz tespit edilemediğini) öne sürdü. Bu umutsuz çıkış yolu hem enerji korunumu sorununu hem de nitrojen-14'ün spinini çözdü; birincisi Pauli'nin "nötronu" fazladan enerji taşıdığı için, ikincisi ise fazladan bir "nötron" nitrojen-14 çekirdeğindeki elektronla eşleşerek ona bir spin verdiği için. Pauli'nin "nötronu" 1931 yılında Enrico Fermi tarafından nötrino (İtalyanca küçük nötr) olarak yeniden adlandırıldı ve yaklaşık otuz yıl sonra nihayet beta bozunumu sırasında gerçekten bir nötrino yayıldığı gösterildi.
1932 yılında Chadwick, Walther Bothe, Herbert L. Becker, Irène ve Frédéric Joliot-Curie tarafından gözlemlenen radyasyonun aslında nötron adını verdiği büyük bir parçacıktan kaynaklandığını fark etti. Aynı yıl Dmitri Ivanenko nötronların aslında spin 1/2 parçacıkları olduğunu ve çekirdeğin nötronlar içerdiğini ve içinde elektron bulunmadığını öne sürdü ve Francis Perrin nötrinoların nükleer parçacıklar olmadığını ancak beta bozunması sırasında oluştuğunu öne sürdü. Yılı kapatmak için Fermi Nature dergisine bir nötrino teorisi sundu (editörler bu teoriyi "gerçeklikten çok uzak" olduğu gerekçesiyle reddetti). Fermi teorisi üzerinde çalışmaya devam etti ve 1934 yılında nötrinoyu sağlam teorik temellere oturtan bir makale yayınladı. Aynı yıl Hideki Yukawa, çekirdeğin nasıl bir arada durduğunu açıklamak için güçlü kuvvetin ilk önemli teorisini önerdi.
Fermi ve Yukawa'nın makaleleri ile atomun modern modeli tamamlanmış oldu. Atomun merkezi, güçlü nükleer kuvvet tarafından bir arada tutulan nötron ve protonlardan oluşan sıkı bir top içerir. Kararsız çekirdekler, enerjik bir helyum çekirdeği yaydıkları alfa bozunmasına ya da bir elektron (veya pozitron) fırlattıkları beta bozunmasına uğrayabilir. Bu bozunumlardan birinin ardından ortaya çıkan çekirdek uyarılmış bir durumda kalabilir ve bu durumda yüksek enerjili fotonlar yayarak temel durumuna bozunur (gama bozunumu).
Güçlü ve zayıf nükleer kuvvetlerin incelenmesi, fizikçileri çekirdekleri ve elektronları giderek daha yüksek enerjilerde çarpıştırmaya yöneltti. Bu araştırma, en önemlisi güçlü, zayıf ve elektromanyetik kuvvetleri birleştiren parçacık fiziğinin standart modeli olan parçacık fiziği bilimine dönüştü.