Çekirdek bir atomun merkezidir. (Proton ve nötron) adı verilen nükleonlardan oluşur ve elektron bulutu ile çevrilidir. Çekirdeğin boyutu (çapı) 1,6 fm (10−15 m) (hafif hidrojendeki bir proton için) ile yaklaşık 15 fm (uranyum gibi en ağır atomlar için) arasındadır. Bu boyutlar atomun kendi boyutundan yaklaşık 23.000 (uranyum) ila yaklaşık 145.000 (hidrojen) kat daha küçüktür. Atomun sadece çok küçük bir parçası olmasına rağmen, çekirdek kütlenin çoğuna sahiptir. Bir atomdaki kütlenin neredeyse tamamı, yörüngedeki elektronların çok küçük bir katkısıyla çekirdekteki proton ve nötronlardan oluşur.

Nötronların yükü yoktur ve protonlar pozitif yüklüdür. Çekirdek sadece proton ve nötronlardan oluştuğu için pozitif yüklüdür. Aynı yüke sahip olan şeyler birbirlerini iterler: bu itme elektromanyetik kuvvet denilen şeyin bir parçasıdır. Çekirdeği bir arada tutan başka bir şey olmasaydı, protonlar birbirlerini itecekleri için çekirdek var olamazdı. Çekirdek aslında güçlü nükleer kuvvet olarak bilinen başka bir kuvvet tarafından bir arada tutulur.

Nucleus kelimesi 1704'ten gelmektedir ve "cevizin çekirdeği" anlamına gelmektedir. Michael Faraday 1844 yılında nükleusu "atomun merkezi noktası" anlamında kullanmıştır. Modern atomik anlamı 1912 yılında Ernest Rutherford tarafından önerilmiştir. Ancak nükleus kelimesinin atom teorisinde kullanımı hemen gerçekleşmemiştir. Örneğin 1916'da Gilbert N. Lewis ünlü makalesi The Atom and the Molecule'de (Atom ve Molekül) "atomun çekirdek ve bir dış atom ya da kabuktan oluştuğunu" yazmıştır.