"Atom" kelimesi Yunanca (ἀτόμος) "atomos", bölünmez, (ἀ)-, değil ve τόμος, kesik kelimelerinden gelmektedir. Atom kelimesinin tarihsel olarak ilk geçtiği yer Yunan filozof Democritus'un M.Ö. 400'lerde yazdığı eserlerdir. Atom teorisi, 1650'lerde kimyanın gelişmesine kadar, pek fazla gerçek bilimsel araştırma veya çalışma yapılmadan, çoğunlukla felsefi bir konu olarak kaldı.
1777 yılında Fransız kimyager Antoine Lavoisier element terimini ilk kez tanımladı. Bir elementin, kimya yöntemleriyle başka maddelere parçalanamayan herhangi bir temel madde olduğunu söyledi. Parçalanabilen her madde bir bileşikti.
1803 yılında İngiliz filozof John Dalton, elementlerin atomlardan oluşan küçük, katı toplar olduğunu öne sürdü. Dalton, aynı elementin tüm atomlarının aynı kütleye sahip olduğuna inanıyordu. Birden fazla elementin atomları birleştiğinde bileşiklerin oluştuğunu söyledi. Dalton'a göre, belirli bir bileşikte, bileşiğin elementlerinin atomları her zaman aynı şekilde birleşir.
1827 yılında İngiliz bilim adamı Robert Brown mikroskobu altında sudaki polen tanelerine baktı. Polen taneleri sallanıyor gibi görünüyordu. Brown, Dalton'un atom teorisini kullanarak taneciklerin hareket biçimlerini tanımladı. Buna brownian hareketi adı verildi. 1905 yılında Albert Einstein, rastgele gibi görünen hareketlerin atomların reaksiyonlarından kaynaklandığını kanıtlamak için matematiği kullandı ve bunu yaparak atomun varlığını kesin olarak kanıtladı. 1869 yılında Rus bilim adamı Dmitri Mendeleev periyodik tablonun ilk versiyonunu yayınladı. Periyodik tablo elementleri atom numaralarına (kaç protona sahip olduklarına) göre gruplandırır. Bu genellikle elektron sayısı ile aynıdır). Aynı sütundaki veya periyottaki elementler genellikle benzer özelliklere sahiptir. Örneğin, helyum, neon, argon, kripton ve ksenon aynı sütunda yer alır ve çok benzer özelliklere sahiptir. Tüm bu elementler rengi ve kokusu olmayan gazlardır. Ayrıca, bileşikler oluşturmak için diğer atomlarla birleşemezler. Birlikte soy gazlar olarak bilinirler.
Fizikçi J.J. Thomson elektronları keşfeden ilk kişidir. Bu olay, 1897 yılında katot ışınları üzerinde çalışırken gerçekleşmiştir. Protonlar (pozitif) ve nötronlardan (yüksüz) farklı olarak negatif yüke sahip olduklarını fark etti. Thomson, atomun erikli puding gibi olduğunu belirten erikli puding modelini yarattı: kurutulmuş meyve (elektronlar) bir puding kütlesinin (protonlar) içinde sıkışmıştı. 1909 yılında Ernest Rutherford adlı bir bilim adamı Geiger-Marsden deneyini kullanarak atomun büyük bir kısmının atom çekirdeği adı verilen çok küçük bir alanda bulunduğunu kanıtladı. Rutherford bir fotoğraf plakası aldı ve onu altın folyo ile kapladı ve sonra ona alfa parçacıkları (birbirine yapışmış iki proton ve iki nötrondan oluşan) attı. Parçacıkların çoğu altın folyodan geçti ve bu da atomların çoğunlukla boş alan olduğunu kanıtladı. Elektronlar o kadar küçüktür ki bir atomun kütlesinin yalnızca %1'ini oluştururlar.
1913 yılında Niels Bohr, Bohr modelini tanıttı. Bu model, elektronların çekirdeğin etrafında sabit dairesel yörüngelerde hareket ettiğini gösterdi. Bu, Rutherford modelinden daha doğruydu. Ancak yine de tamamen doğru değildi. Bohr modelinde ilk tanıtıldığından bu yana iyileştirmeler yapıldı.
1925 yılında kimyager Frederick Soddy, periyodik tablodaki bazı elementlerin birden fazla atom türüne sahip olduğunu keşfetti. Örneğin, 2 protonlu herhangi bir atomun helyum atomu olması gerekir. Genellikle, bir helyum çekirdeği ayrıca iki nötron içerir. Ancak bazı helyum atomlarında sadece bir nötron bulunur. Bu da onların gerçekten helyum olduğu anlamına gelir, çünkü bir element proton sayısına göre tanımlanır, ancak bunlar normal helyum da değildir. Soddy, nötron sayısı farklı olan bu tür atomlara izotop adını vermiştir. İzotopun adını bulmak için çekirdeğinde kaç proton ve nötron olduğuna bakarız ve bunu elementin adına ekleriz. Yani iki proton ve bir nötronu olan bir helyum atomuna helyum-3, altı proton ve altı nötronu olan bir karbon atomuna ise karbon-12 denir. Ancak Soddy teorisini geliştirdiğinde nötronların gerçekten var olduğundan emin olamamıştır. Gerçek olduklarını kanıtlamak için fizikçi James Chadwick ve diğerlerinden oluşan bir ekip kütle spektrometresini yarattı. Kütle spektrometresi aslında tek tek atomların kütlesini ve ağırlığını ölçer. Chadwick bunu yaparak atomun tüm ağırlığını açıklamak için nötronların var olması gerektiğini kanıtladı.
1937 yılında Alman kimyager Otto Hahn, bir laboratuvarda nükleer fisyonu yaratan ilk kişi oldu. Bunu, yeni bir izotop yaratma umuduyla bir uranyum atomuna nötron atarken tesadüfen keşfetti. Ancak uranyumun yeni bir izotop yerine uranyumdan daha küçük bir atom olan baryum atomuna dönüştüğünü fark etti. Görünüşe göre, Hahn uranyum atomunu "kırmıştı". Bu, dünyanın kaydedilen ilk nükleer fisyon reaksiyonuydu. Bu keşif sonunda atom bombasının yaratılmasına yol açtı.
20. yüzyılın ilerleyen dönemlerinde fizikçiler atomun gizemlerini daha da derinlemesine araştırdılar. Parçacık hızlandırıcıları kullanarak proton ve nötronların aslında kuark adı verilen başka parçacıklardan oluştuğunu keşfettiler.
Şimdiye kadarki en doğru model Schrödinger denkleminden gelmektedir. Schrödinger elektronların çekirdeğin etrafında elektron bulutu adı verilen bir bulut içinde bulunduğunu fark etmiştir. Elektron bulutunda, elektronların tam olarak nerede olduğunu bilmek imkansızdır. Schrödinger denklemi, bir elektronun nerede olma olasılığının yüksek olduğunu bulmak için kullanılır. Bu bölgeye elektronun yörüngesi denir.