Atom maddenin temel birimidir. Kimyasal bir özelliğe sahip olabilecek en küçük şeydir. Her birinin kendi adı, atom kütlesi ve boyutu olan birçok farklı atom türü vardır. Bu farklı atomlara kimyasal elementler denir. Kimyasal elementler periyodik tablo üzerinde düzenlenmiştir. Elementlere örnek olarak hidrojen ve altın verilebilir.

Atomlar çok küçüktür, ancak tam boyut elemente göre değişir. Atomların genişliği 0,1 ila 0,5 nanometre arasında değişir. Bir nanometre, bir insan saçının genişliğinden yaklaşık 100.000 kat daha küçüktür. Bu da atomları özel aletler olmadan görmeyi imkansız hale getirir. Bilim insanları atomların nasıl çalıştığını ve diğer atomlarla nasıl etkileşime girdiğini öğrenmek için deneyler yaparlar.

Atomlar bir araya gelerek molekülleri oluşturur: örneğin, iki hidrojen atomu ve bir oksijen atomu birleşerek bir su molekülü oluşturur. Atomlar bir araya geldiğinde buna kimyasal reaksiyon denir.

Atomlar protonlar (pozitif yüklü), nötronlar (yüksüz) ve elektronlar (negatif yüklü) olarak adlandırılan üç tür küçük parçacıktan oluşur. Protonlar ve nötronlar daha ağırdır ve atomun ortasında kalırlar. Bunlara çekirdek denir. Çok hafif olan bir elektron bulutu ile çevrilidirler. Elektromanyetik kuvvet tarafından çekirdeğin pozitif yüküne çekilirler.

Bir atomun sahip olduğu proton ve elektron sayısı bize onun hangi element olduğunu söyler. Örneğin hidrojenin bir protonu ve bir elektronu vardır; sülfür elementinin ise 16 protonu ve 16 elektronu vardır. Proton sayısı atom numarasıdır. Hidrojen hariç, çekirdekte nötronlar da bulunur. Proton ve nötronların sayısı birlikte atom ağırlığını oluşturur.

Atomlar gaz formundayken (hareket etmekte serbest oldukları için) sıvı formda ve katı maddede olduklarından daha hızlı hareket ederler. Katı maddelerde atomlar yan yana sıkıca paketlenmiştir, bu nedenle titreşirler, ancak sıvılardaki atomlar gibi hareket edemezler (yer yoktur).