1226 yılında Polonyalı Mazovia Prensi Conrad (Mazovia, Kuzey Polonya'da bir yerdir) Transilvanya'dan Töton Şövalyelerinin Mazovia'ya gelmesini istedi. Onlardan sınırlarındaki Prusya kabileleriyle savaşmalarını istedi. Şövalyeler 100 yıldan fazla savaştılar. Sonra yeni bir devlet kurdular. Bir süre sonra bu devlet bugünkü Estonya, Letonya ve Litvanya'nın çoğunu ve kuzey Polonya'nın bir kısmını kontrol etti. 1466'da Şövalyeler Polonya ve Litvanya Kralı'na bağlıydı. 1525 yılında Şövalyelerin lideri Protestan oldu. Şövalyelerin topraklarının bir kısmını, o zamanlar Polonya Krallığı'nın bir parçası olan Prusya Dükalığı'na dönüştürdü.
O dönemde Prusya Dükalığı sadece Vistula Nehri'nin denize girdiği yerin doğusundaki bölgeydi. 1618'de yeni Prusya Dükü Brandenburg Seçmeni John Sigismund'du. Kendisi aynı zamanda Brandenburg Margrave'siydi. Brandenburg Hohenzollern ailesi tarafından yönetiliyordu. Prusya Dükalığı, Kutsal Roma İmparatorluğu'nun bir parçası olmadığı için Hohenzollern ailesi için önemliydi. Yeni devletin adı Brandenburg-Prusya idi. Devletin ortasında Polonya toprakları vardı, ancak Brandenburg-Prusya Polonya'dan uzaklaşıyordu. Büyük Seçmen olarak adlandırılan Frederick William yönetimindeki Prusya, Magdeburg ve Ren Nehri'nin batısındaki bölgelerde yeni topraklar aldı.
Prusya Krallığı
1701 yılında Kutsal Roma İmparatoru ve Polonya Kralı, Brandenburg-Prusya'nın, kralı I. Frederick ("Büyük") olmak üzere kendisini "Prusya Krallığı" olarak adlandırmasına izin verdi. Frederick döneminde Prusya, Avusturya'ya karşı savaş açtı ve Silezya'yı aldı. Savaşlar 1763'te sona erdi; Prusya o zamanlar doğu Almanya'daki en güçlü devletti. Pomeranya da dahil olmak üzere Almanya'nın diğer bölgeleri evlilik veya ölüm nedeniyle Prusya'ya geçti.
Bu süre zarfında Prusya ordusu büyüdü ve yönetim sistemi de büyüdü. Bunlar 1945'e kadar Alman devletinin en önemli parçaları oldu. 1772 ve 1795 yılları arasında Prusya, Rusya ve Avusturya Polonya'yı parçalara ayırdı (Polonya'nın Bölünmesi). Prusya, Varşova şehri de dahil olmak üzere uzak doğudaki toprakları kontrol ediyordu.
Frederick William II, Prusya'nın 1792'de Fransa ile savaşa katılmasını sağladı. Valmy'de kaybetti ve batı topraklarını Fransa'ya verdi. Frederick William III yeni bir savaş başlattı, ancak Jena'da kaybetti. Tilsit Antlaşması ile Fransa'ya daha fazla toprak verdi.
1813 yılında Prusya, Napolyon Fransası ile yeniden savaşa başladı. Prusya 1815'te daha önceki savaşlarda kaybettiği toprakları ve ayrıca tüm Rhineland ve Westphalia'yı ve diğer bazı toprakları geri kazandı. Batıdaki bu topraklar, özellikle Ruhr vadisi çok önemliydi. Burası Almanya'nın sanayileşmesinin yeni merkezi ve silah endüstrisinin yuvasıydı. Napolyon Savaşları'ndan sonra Prusya Almanya'nın en güçlü devletiydi ve Avusturya'dan daha güçlüydü.
19. yüzyılın başlarında Almanya'da iki siyasi grup vardı. Liberaller güçlü bir merkezi hükümete sahip demokratik bir sistem istiyordu. Muhafazakârlar ise Almanya'nın bir grup bağımsız ve zayıf devletten oluşmasını istiyordu[] . 1848'de Avrupa'ya devrim geldi. Frederick William IV endişeliydi. Bir Ulusal Meclis ve anayasaya izin verdi. Yeni Frankfurt Parlamentosu Frederick William'a tüm Almanya'nın tacını vermek istedi ama o bunu istemedi. Devrimcilerin kralları isimlendiremeyeceğini söyledi. Artık Prusya'nın yarı demokratik bir anayasası vardı, ancak gerçekte toprak sahibi soylular (Junkerler) özellikle doğuda iktidara sahipti.
İmparatorluk Prusyası
1862 yılında Prusya Kralı I. Wilhelm, Otto von Bismarck'ı Prusya'nın başbakanı olarak atadı. Bismarck liberallerin ve muhafazakârların kaybetmesini istiyordu. Güçlü ve birleşik bir Almanya yaratmak istiyordu ama bunu Batı Alman liberallerinin değil, Junkerlerin yönetimi altında yapmak istiyordu. Bu yüzden üç savaş başlattı:
- 1864'te Danimarka ile - bu Prusya'ya Schleswig-Holstein bölgesinin kontrolünü verdi
- 1869'da Avusturya ile yapılan savaş (Avusturya-Prusya Savaşı) - bu savaş Prusya'nın Hannover'i ve Avusturya tarafından yönetilen diğer kuzey Alman topraklarının çoğunu almasını sağladı
- Fransa ile 1870'te (Fransa-Prusya Savaşı) - böylece Bismarck Mecklenburg, Bavyera, Baden, Württemberg ve Saksonya'yı kontrol edebildi. Bundan sonra bu eyaletler (Avusturya hariç) birleşik Alman İmparatorluğu'nun bir parçası haline geldi ve I. Wilhelm İmparator (Kaiser) unvanını aldı.
Bu Prusya'nın en önemli anıydı. Ekonomik ve siyasi gelecek iyi görünüyordu. Ancak 99 gün sonra, 1888'de devletin yeni bir lideri vardı: Kayzer Wilhelm II. Wilhelm, 1890'da işini kaybeden Bismarck'ı kovdu ve Wilhelm II yeni bir dış politika başlattı. Orduyu büyüttü, donanmayı çok daha büyük hale getirdi ve risk aldı. Almanlar ve müttefikleri bu savaşı kaybettiğinde, Prusyalı Junker'ler güç kaybettiler. Prusya kralı ve diğer Alman kralları ülkeyi terk etmek zorunda kaldı. Almanya Weimar Cumhuriyeti oldu. 1919'da Versailles Antlaşması Polonya devletini yeniden yarattı ve Prusya topraklarının çoğundan vazgeçmek zorunda kaldı. Polonya Koridoru Doğu Prusya ve Almanya arasında paylaşıldı.
Prusya'nın sonu
Birinci Dünya Savaşı'nın sonunda Versay Antlaşması Batı Prusya'yı Almanya'nın geri kalanından ayırarak Danzig Serbest Şehri ve Polonya Koridoru'nu oluşturdu; böylece Polonya'nın denize çıkışı engellenmek yerine okyanusa erişimi olacaktı. Bazı insanlar Prusya'yı daha küçük devletlere bölmek de istedi, ancak bu gerçekleşmedi. Prusya, Weimar Cumhuriyeti'nin en büyük eyaleti olan "Prusya Özgür Devleti" (Freistaat Preußen) oldu. Prusya Serbest Eyaleti, Weimar Cumhuriyeti'ndeki tüm toprakların %60'ından fazlasını oluşturuyordu. Prusya Serbest Eyaleti, Berlin şehrinin de içinde bulunduğu endüstriyel Ruhr bölgesini kapsıyordu, dolayısıyla sol eğilimli siyasi fikirlere sahip pek çok insan burada yaşıyordu. Sosyal Demokratlar ve Katolik Merkez 1920'lerin çoğunda iktidardaydı.
1932 yılında Almanya'nın muhafazakâr Şansölyesi Franz von Papen Prusya'nın kontrolünü ele geçirerek devletin demokratik anayasasına son verdi. Bu Alman demokrasisinin de sonu oldu. 1933'te Hermann Göring Prusya'nın İçişleri Bakanı oldu; artık çok güçlüydü. 1934 yılında Naziler Alman eyaletlerinin yönetimini ele geçirdi.
1945 yılında Sovyetler Birliği ordusu tüm doğu ve orta Almanya'yı (ve Berlin'i) ele geçirdi. Polonya, Oder-Neisse hattının doğusundaki Silezya, Pomeranya, doğu Brandenburg ve Doğu Prusya gibi her yeri aldı. Sovyetler Birliği, şimdi Kaliningrad olan Königsberg de dahil olmak üzere Doğu Prusya'nın kuzey üçte birini aldı. Yaklaşık on milyon Alman bu bölgelerden kaçmak zorunda kaldı. Onların yerine Polonyalılar ve Ruslar yerleşti. Bu ve Komünistlerin Doğu Almanya olarak da adlandırılan Doğu Almanya'daki toprakların kontrolünü ele geçirmesi nedeniyle Junker ve Prusya'nın işi bitmişti.
1947'de Amerika Birleşik Devletleri, İngiltere, Fransa ve Sovyetler Birliği Prusya'nın sonunu resmen kabul etti. Prusya topraklarını içeren Sovyet Bölgesi'nde (1949'dan itibaren Doğu Almanya olarak adlandırıldı) artık Brandenburg ve Saksonya-Anhalt eyaletleri vardı. Pomeranya'nın Prusya'ya ait kısımları Mecklenburg-Batı Pomeranya63363'ya geçti. 1952'de DAC hükümeti eyaletleri kullanmayı bıraktı ve bunun yerine ilçeleri kullandı. Doğu Almanya'nın sona erdiği 1990 yılında eyaletler geri döndü. Batı'da (1949'dan itibaren Federal Almanya Cumhuriyeti veya Batı Almanya olarak adlandırıldı) Prusya toprakları Kuzey Ren-Vestfalya, Aşağı Saksonya, Hessen, Rheinland-Pfalz ve Schleswig-Holstein'a gitti. Baden-Württemberg Hohenzollern topraklarını aldı.
Prusya fikri Almanya'da tamamen ölmüş değil. Bazı insanlar Brandenburg, Mecklenburg-Vorpommern ve Berlin eyaletlerini bir araya getirip Prusya olarak adlandırmak istiyor. Ancak Alman politikacılar bu fikirle ilgilenmiyor.[] Berlin Anayasası Berlin ve Brandenburg'un tek bir eyalet olmasına izin veriyor, ancak Berlin halkı 5 Mayıs 1996'da buna karşı oy kullandı.